首先，要从一些我们能从电影中比较浅显获知的信息入手。
普罗米修斯是希腊神话中的泰坦神族，宙斯的堂表兄弟，他的知名事迹包括，人类创造者之一（创造了人类好的部分），为人类盗取天火，以及被流放的普罗米修斯。
总体来说他是神族中的不安分分子，而最终也被流放受苦。
那么有了这些信息，我们就能看懂开头了，开头出现的“工程师”，无疑就是人类的普罗米修斯，而他来到远古地球，这个与母星环境类似，却毫无生机的星球，目送飞船远去，并喝下毒水。
我们很容易能理解，他是一个被文明流放的人，而进而我们可以推论，地球实际上是工程师的流放地。从影片中我们不难看出工程师文明是一个在有机生物学、遗传学上极有造诣的文明。我们也很容易推想一下这种文明的世界观。对于人类，我们处置我们文明中的极刑犯最高的方式是死刑，是肉体消灭，从而达到将极恶者从我们的文明我们的世界驱除的目的。
那么很合理的一个假设是，工程师文明中的极刑，不仅是围绕肉体消灭，同时也是从基因消灭的角度。地球是工程师的行刑地，他们将族群中的罪人流放到远古地球，并给他们“黑水”。
我们可以通过人类文明的发展来尝试理解一下这个虚拟的高端文明的世界观，随着人类文明的发展，我们的社会中出现了“废死”思潮，即认为即使是以正义的名义，杀害一个同类，也是不义的。那么我们有理由相信，这样的思想过程对于工程师这样的高端文明也是成立的。
但“废死”并不代表不惩罚。所以近乎永恒的囚禁以及与种族隔绝的流放，是唯一合理的刑罚。
那么当一位工程师罪人，被流放到荒芜的远古地球，这里不仅没有可以与其智力匹配、交流的生物，甚至根本没有生命。这种永恒的绝望下，一种可能的选择是什么呢？当然是自杀。这就是我们在影片开始看到的内容。
但故事并没有因此结束，地球仍然是工程师的流放地，新的工程师罪人仍然被送到这里。那么这时候会发生什么呢？被流放的工程师突然发现，这个死寂的行星中，生命已经在萌发，远古地球这个用绝望和孤寂打造的牢笼出现了一丝裂纹。于是这个工程师种族中的某个，或者某些异常坚定者，决定放弃自我毁灭，转而用时间、毅力或许还有科技，去引导人类进化成一种文明，这就成为了人类文明意义上的“普罗米修斯“
而这也是在远古壁画中，科学家们所看到的为人类传授知识指点星图的”巨人“形象。
前者从基因上创造了人类的普罗米修斯，而后者就是壁画中与人类文明共同成长，传授人类文明知识以及对工程师母星认识到普罗米修斯。
这也解释了，为什么载有大量生物武器的飞船，会飞往地球，按照前面的说明就不难理解。工程师世界中的罪恶，既包括肉体，也包含基因，人类是罪人基因的延续，那首先他们也必然是罪人的一份子。
但问题是，这是否足够让工程师对人类大开杀戒呢？当然不能，因为人类在带有基因的原罪之外，对于工程师文明而已，还具有了另一项更”恶毒“的罪行。