顺治元年（1644年） 八月，清朝迁都北京，以盛京为留都，以正黄旗内大臣何洛会为盛京总管。翌年，废明陪都南京，仿明代两京之制，以盛京为陪都。清代对盛京的管理有别于其他行省，实行了一套满汉分治的二元化管理体制：设盛京将军为地方最高长官；不设巡抚，设奉天府管理民事，奉天府的地位与北京顺天府相同，高于地方府；设盛京户、礼、工、刑、兵五部，管理地方事务；设盛京总管内务府，管理盛京皇宫和皇庄事务。
盛京将军盛京将军为陪都盛京的最高军政长官，它的名称有个演变过程。入关之初，以内大臣一员、副都统二员及每旗驻守章京留守盛京。顺治二年（1645年） 称为“镇守盛京京城总管官”，顺治三年，改为昂邦章京，康熙元年（1662年） 改昂邦章京为“镇守辽东等处将军”（辽东将军），康熙四年改辽东将军为“镇守奉天等处将军”（奉天将军），乾隆十二年（1747 年） 又改称“镇守盛京等处将军”（盛京将军）。光绪三十三年（1907年） 三月，罢盛京将军，置东三省总督，兼管三省将军事务。
盛京将军兼任盛京内务府总管并三陵总理事务大臣，位高权重，与内地将军不同。除为盛京八旗兵最高长官外，“掌镇抚留都，安辑旗民，董率文武。凡军师卒戎、田庄粮糈之籍，籍域之广轮、关梁之要隘，咸周知其数，以时简稽而修饬之。”盛京将军统辖八旗驻军一万七千多人，兼辖的副都统，初为左右两员，右副都统留守盛京，左副都统驻防锦州。后增副都统为四员，另两员分驻兴京和金州。将军府下属办事机构有：折本处、印务处（堂司）、恩赏银库、围场处、牧群司、马政处、捐输局（咸丰六年设）、官参局（乾隆十年设）。乾隆末年，盛京城驻防八旗官员计有：副都统一员，协领十一员，佐领六十六员，骁骑校三十五员，防御三十四员，笔帖式十一员，外郎六员，委官二十七员；八旗步兵一千一百八十八名，马兵五千二百八十名。
铁匠六十六名，箭匠六十一名，养育兵三百六十二名；此外，还有门校八名，库军校二十名，看守御园领催一名、兵九名，看守皇寺兵八名，夜捕手三十八名；总计八旗官兵共七千二百三十二人。
盛京将军府东辕门
盛京将军公署在德盛门（大南门） 内街东。原是天聪五年（1631年） 设立的吏部衙门，康熙十三年（1674年），将原吏部衙门重修后，改为将军公署。有大堂三间、川堂三间、司房六间、番子司四间、印房三间、本房三间、库房四间、东耳房三间、仪门三间、大门三间。乾隆三年（1738年），添造大堂二间，十四年又添建司务厅三间。大堂悬挂乾隆八年御书“屏翰邠丰”匾。原来奉天各官员皆仿北京体制，办公在衙署，而另有私第。但将军与府尹皆由京师调来，盛京无居住之处。所以另在金银库胡同（今盛京路） 为之捐修盛京将军和奉天府尹府第。后又改建仪门，东西两侧增建辕门（牌楼），东曰盛京将军府，西曰奉天府尹府。将军府影壁上有“陪都留守”四个大字。
盛京五部清迁都北京之后，原设于盛京的六部均迁入北京，但仍留少数人员留守，即“户、礼、刑、工四曹，悉隶留守之昂邦章京掌焉”。顺治十五年（1658年） 八月，仿明代“两京”之制，设盛京礼部，次年又设户部、工部。康熙元年（1662年） 设刑部，三十年复设兵部，并设侍郎以下各官。至此，始成盛京五部之制。唯不设吏部，因盛京官员无多，仍由中央铨选。盛京五部不设尚书，各部只设侍郎一人主管。雍正八年（1730年） 曾一度设尚书一人总管五部，不久裁撤。光绪初，又命盛京将军兼管兵、刑二部，到三十一年更兼管五部。不久以名目不同，“事权不专”，“百弊丛生”为由，由盛京将军赵尔巽奏准裁撤，原管事务，分别划归盛京地方官管理。
清末将军行署
盛京礼部盛京因有清初皇宫和陵寝，所以最早于顺治十五年（1658年） 设立盛京礼部。盛京礼部掌盛京朝祭之仪。
盛京陵寝有“大祭”“常祭”。每月初一、十五及“万寿”节之祭为“常祭”，由内务府的宗室官、总管、掌关防官分别承祭。
清明、中元、冬至、岁暮之祭为“大祭”，需先期开列承祭官，送太常寺报皇帝钦派，及期则派员监礼。此外，每年礼部还要遣官祭祀盛京城隍、长白山神及贤王祠等。每年元旦及“万寿”节，排列盛京各衙门班位，在大政殿朝贺，也是盛京礼部的职掌。另外，还主管盛京僧录司（在白衣庵）、道录司（在都城隍庙）、朝鲜使馆（在德盛门内街东）。盛京礼部还设有田庄、果园、瓜园及鱼泊。礼部的长官侍郎为正二品，内部设左右二司，每司各有郎中一人，员外郎二人。公署在德盛门内街东，原礼部公署。内有大堂三间、后堂三间、档房三间、司房六间、干丁司三间、六品官办事房三间、东西果楼各三间、拣选果品房四间、冰窖房三间（每年于小寒节后在浑河凿冰，窖藏以备祭陵之用）、果窖房三间、土地祠一间、值班房二间、仪门一间、大门三间。大堂悬挂乾隆八年（1743年） 御书“典重明禋”匾额；大堂楹联云：“古训是式，威严是力，夙夜唯寅；直哉唯清，运用经语，颠扑不破。”为侍郎和色本题，另书“嘉会堂”匾，笔力雄健。
盛京户部顺治十六年（1659年） 设，主管盛京地区的财赋，负责征收钱粮、食盐、棉花及其他杂税。内设经会（管货币）、粮储（管粮食）、农田（管农田亩数） 三司，另辖有银库和内仓等。户部侍郎兼奉天府尹。公署在德盛门内街原户部公署，礼部公署北。内有大堂三间、三司司房九间、档子房三间、两旁班房四间、仪门五间、大门三间。大堂悬挂乾隆八年（1743年） 御书“宗邦会要”匾额。盛京礼、刑、工部匾均竖书，唯户部横书“户部”二字，并有“大金天聪六年仲秋建立”一行小字，可知乃入关前户部原匾。
盛京户部印模
盛京工部印模
盛京工部顺治十六年（1659 年）
设，负责盛京营缮工程事务。营缮工程分坛庙、陵寝、宫殿、城垣、公廨、祠宇六项。各项工程，由该管衙门报部勘估，题报兴修，视工程之大小，规定期限，工竣随时题销。岁修则次年夏季汇总具题，都由北京工部核销。盛京工部下设左右司，另有银库、织造库、火药库、秫秸厂、黄瓦厂、席厂、灰厂、缸厂、木炭厂等。入关前，天聪五年（1631年） 设立六部，工部公署在怀远门内街侧、刑部公署南。顺治元年（1644年） 迁至德盛门内街东、礼部公署南。顺治十六年复设盛京工部后沿用。内有大堂三间、穿堂五间、左右司房八间、档房三间、仪门三间、大门三间、班房四间。大堂悬挂乾隆八年（1743年） 御书“饬材山海”匾。联云：“邠歧宣力司邦土；阀阅承家赞陈图”，为侍郎宗室成策题，言简意赅。其时成策兼任副都统。
盛京刑部康熙元年（1662年） 复设盛京刑部，审办盛京旗人及边外蒙古案件。每年秋审，会同盛京户、礼、兵、工四部侍郎及奉天府尹审议汇题。奉天府重犯秋审，也会同盛京刑部酌定具题。盛京刑部的内部组织有肃纪前司、肃纪左司、肃纪右司、肃纪后司（又称黄、红、白、蓝四司）。刑部公署在天佑门（小南门） 内街西，门朝东，为原刑部公署，康熙三年重修。内有大堂五间、南白旗司三间，蓝旗司三间、北黄旗司三间、红旗司三间、前堂五间、穿堂三间、仪门一间、档房三间、大门三间；乾隆四年（1739年），又添建本房三间、贮罚库三间、科房三间。大堂悬挂乾隆八年御书“弼教留都”匾。
盛京兵部盛京兵部在盛京五部中设立最晚，为康熙三十年（1691年） 设。主管盛京驻防、驿递邮传之事，内设左、右二司。公署在天佑门（小南门） 内街西，刑部公署北，门东向。内有大堂三间、穿堂五间、司房六间、档房四间、土地祠一间、驿丁房四间、大门三间、仪门一间。大堂悬挂乾隆八年（1743年） 御书“陪京枢要”匾；联云：“八阵貔貅，威雄渤海；万年桑梓，志巩金汤。”为侍郎铁保书。二堂联云：“帝语如闻，惕厉官常承北极；天威可畏，严明军政肃中枢。”为侍郎春山题。另大堂暖阁东壁悬挂铁保书《五榆歌》，诗书俱佳。西壁悬挂乃玉保所和，笔力稍逊。兄弟二人先后任盛京兵部侍郎，亦是盛京一历史佳话。乾隆年间，侍郎常安在兵部公署辟一花园，建澄观楼。
奉天府清入关后，顺治十年（1653年），盛京地方设辽阳府，顺治十四年四月，罢辽阳府，改设奉天府于盛京。设府尹一人，管辖盛京地区民人户籍、田赋、诉讼诸事，旗人事务仍归昂邦章京（后改将军） 办理。但由于采取这种旗民分治之制，将军、府尹不相关，遇有缉捕犯人等事，互相推诿，不能通力合作。所以，乾隆二十七年（1762年），改由盛京将军节制。乾隆三十年为军民分治，照顺天府之例，改派盛京五部侍郎一人兼管。至光绪元年（1875年），改革奉天吏治，又改由盛京将军兼管，府尹则加二品衔，以右副都御史行巡抚事，以求旗民事务划一。但将军与府尹并无隶属关系，将军只以兼管奉天府尹事务大臣的身份督理地方民政。光绪三十一年裁府尹，设知府，为奉天省治。
盛京因是清朝建国发祥重地，又是清代的陪都重镇，因此，奉天府制比京师顺天府，都定为正三品衙门，比一般的府（从四品） 高三级，其地位如各省巡抚，可直接向皇帝奏事（一般的府需由都抚转奏）。并且二府都特派大臣兼管，以后更以盛京将军兼管，这样就更提高了地位。
至光绪年间，奉天府所属地方，有五府、四厅、六州、二十六县。奉天府的职官在兼管大臣与府尹之下，有府丞一人、驿巡道（光绪二年添设） 一人、军粮通判一人、经历、司狱各一人，吏书十九人。初有治中一人， 光绪二年裁； 推官一人， 康熙六年（1667年） 裁。
奉天府尹公署在德盛门（大南门） 内街西，门东向。顺治十四年（1657 年） 建。内有大堂三间、穿堂三间、书吏房六间、内宅门一座、大门三间、班房二间。大堂悬挂大京兆盛泰书楹联一副：“以民心为己心，休戚相关，何分尔我；视国事如家事，夙夜匪懈，遑问公私。”奉天府尹公署后迁至今沈阳路。
府丞公署在天佑门（小南门） 内街西，门南向，康熙三年（1664年） 建；治中公署在抚近门（大东门） 外街东临护城河，门东向；军粮通判公署在天佑门（小南门） 内街东，门南向，光绪二年（1876年） 改为军粮同知，公署移至抚近门（大东门） 外；以通判公署旧治改为新添设的驿巡道公署；经历司公署先在府署右，雍正六年（1728年） 移至旧司狱司公署所，后改建龙王庙，于抚近门外建新公署；司狱司公署原在县署，后移到抚近门内，后又移至县署前。
承德县康熙三年（1664年） 在沈阳设承德县，为奉天府首县。
宣统三年（1911年） 三月撤承德县，将一切事务并入奉天府。承德知县公署在怀远门（大西门） 内街南，府丞右侧，门东向。旧为推官公署，康熙六年（1667年） 改为县署。有大堂三间、内宅九间、书吏房三间、仪门一座、大门门房各一间。雍正十一年（1733年） 增建瓦房二十一间；乾隆四十五年（1780年） 增建穿堂三间。清末，知县大堂悬挂知县胡绍祖书“亲民堂”匾额，笔力刚凝，兼有颜、柳之风。
民国二年（1913年），盛京原有府、厅、州一律改县，奉天府改为奉天县；同年四月，因省县同名，又恢复承德县名，后因与河北省承德重名，改为沈阳县。
盛京内务府内务府全称为总管内务府衙门，是清代掌管“宫禁”事务的机关，凡皇家的衣、食、住、行等各种事务，都由内务府承办。清入关前，凡所获俘虏，都编为包衣（家奴），分属八旗。崇德三年（1638年） 始设内务府，掌管皇太极亲领的上三旗（时为镶黄、正黄、正蓝；顺治后改为镶黄、正黄、正白三旗） 的包衣之政与宫禁之治。顺治元年（1644 年） 清入主中原，皇室包衣多数“从龙入关”，内务府也随之到北京，但在盛京仍留下一批包衣承办宫廷和皇家事务。顺治三年设正黄、镶黄佐领各一员。八年添设正白佐领一员，给关防并添司库。盛京宫廷及皇家事务由上三旗包衣佐领按照北京内务府的指令办理，十三年颁给满汉合璧的“管理盛京内务关防”印鉴，由三名包衣佐领中指定一个执掌。乾隆十七年（1752年） 正式设立盛京内务府，设总管大臣一人，由盛京将军兼任。至嘉庆十一年（1806年），盛京内务府机构臻于完善，包括：档案房、广储司、都虞司、掌仪司、会计司、营造司、文溯阁、三旗织造库、三旗牛录处、内管领处、庆丰司等部门，所属官吏及人丁总数达万余人。其所管盛京陵园及祭祀各项事务，均直接奏报皇帝。其职官之升迁、调补、生死逃亡之事，都要咨报北京内务府。盛京内务府公署在大清门外，崇德三年始建，有东西房六间、文书房四间、东楼房五间、南北厢房七间。
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