机关单位应当根据《涉密信息系统保护管理办法》以及涉密信息的等级和性质确定系统的密集按照分级，确保信息安全。
首先，机关单位需要根据涉密信息的等级和性质将其进行分类，比如分为绝密、秘密和机密等级，不同等级和性质对应着不同的信息处理和存储方法。
其次，机关单位需要根据各类涉密信息系统的特点来确定密集按照分级的标准，比如是否联网、使用对象的范围、信息处理的种类和数量等。
再者，机关单位还需要针对每个涉密信息系统制定详细的密级管理规定，明确各项保密措施和操作流程，并设立相应的保密责任人和安全管理员，对系统的密级安全进行严格的监控和管理。
最后，机关单位需要开展定期的安全评估和风险分析，不断完善和加强系统的保密情况，避免信息泄露和安全漏洞的出现，并对相关人员进行安全知识培训和技能提升，提高全员保密意识和管理水平。
总之，机关单位应当充分认识到涉密信息系统保密工作的重要性，根据实际情况和相关规定制定系统的密集按照分级，落实相应的保密措施和管理体系，不断提高涉密信息保护的能力和水平。
此外，机关单位也需要注意以下事项：
1.确保系统建设符合国家涉密信息保护政策的要求，遵守涉密信息保护的相关法律和规定。
2.在系统设计和运维过程中，涉密信息系统应当采取相应的技术手段和安全措施，确保信息的保密性、完整性和可用性。
3.增强安全意识，提升人员保密素质。企业与组织应该定期开展安全培训工作，不断加强员工对信息安全保密知识及其重要性的认识，从源头上化解保密隐患。
4.严格落实保密管理责任，充分利用保密检查、审计、监察等手段，对各类涉密信息系统进行安全审计和风险评估，及时发现和解决潜在的安全问题。
5.开展应急预案演练和信息安全事件处置演练，提高机关单位对突发事件的应变能力及安全事件承受能力。
综上所述，机关单位要合理确定系统的密集按照分级，建立完善的保密管理体系，以保障企业与组织的涉密信息安全。同时，也需要通过定期的安全评估和培训来不断完善保密管理工作，提高保密工作的水平和能力。