河海大学商学院，起源于1915年的“河海工程专门学校”，从那时起便涉足商科教育，教授经济管理、簿记学和管理学等课程。1927年设立商业专修科，1979年恢复商学教育，并在1983年成立了管理工程系，是中国较早设立商学学科的学府之一。1986年更名为河海大学管理工程系，同年合并了南京水利电力管理干部学院。1995年成立了国际工商学院，2004年与经济学院合并，组建了现在的商学院，英文简称HHBS。
商学院秉持“求天下学问，做工商精英”的宗旨，推行“教育、科研、咨询、培训”四位一体的发展模式，致力于打破传统的理工型大学形象，推动综合性大学的发展。作为河海大学的新兴强势学科群，商学院参与了“985工程优势学科创新平台”项目，对学校发展起到重要支撑作用。学院设有7个业务系，涵盖了管理学、会计学、财务金融、市场营销等多个领域，以及21个研究机构，涵盖了如水利经济、战略管理等多个研究方向。
除了教学活动，商学院还运营着20多个职业教育与社会服务机构，包括MBA教育中心、工程硕士教育中心和国际教育中心等，与长三角和珠三角的教育基地合作广泛。学院拥有工商管理、管理科学与工程等多个博士、硕士授予点，以及工商管理、金融学等多个专业学位硕士点，涵盖了本科、硕士和博士教育层次。
科研方面，商学院在培养人才的同时，科研成果丰硕，近年来科研经费充足，发表高质量论文并多次获得省部级奖项。在教育部学科评估中，商学院的工商管理、应用经济学和管理科学与工程均在全国名列前茅。商学院拥有一流的设施，包括专用办公大楼、实验中心和图书馆，以及新建的博学楼，为师生提供了优越的学习和研究环境。
在国际化方面，商学院已加入国际商学院联合会(AACSB)，并积极推进AACSB、EQUIS、AMBA等国际认证，与美国、澳洲和英国等多所知名院校建立了合作关系，致力于国际交流与合作。
河海大学商学院设有工商管理、管理科学与工程2个博士后流动站；拥有技术经济及管理、管理科学与工程2个博士学位授予点；管理科学与工程、工商管理、应用经济学3个一级学科硕士点，情报学和人口、资源与环境经济学2个二级学科硕士点，其中，技术经济及管理是国家重点（培育）学科、“水文水资源与水利工程科学国家重点实验室”（水经济与管理方向）通过国家合格验收（2008年）。