1662年8月，荷军统帅博特从巴达维亚率舰队至福州，欲与清军协商收复台湾，但郑成功去世后，郑经寻求与清朝和解。福建主政者耿继茂、李率泰要求博特等待康熙帝的回应，博特未能得到答复，于3月返回巴达维亚。
10月21日，博特再次来泉州，提出协议，要求攻占金门、厦门后进攻台湾，并归还荷兰。尽管耿、李未同意，但他们为了拉拢荷军，还是在协议书上签字，形成了清荷联军。11月14日，郑军翻译员提议合作，但博特因已与清军结盟而拒绝。该翻译员泄露了郑军的部署，显示郑军在厦门有4000至5000人，金门仅100至150人，且无炮台，船只停于附近海域。
18日，博特试图与清军合攻金门，但清军以未得耿继茂指令为由拒绝。博特单独行动，攻城虽胜，但因担心脱离舰队支援，未继续追击。郑军借此反击，迫使荷军撤退。随后，清军耿继茂、李率泰、马得功及施琅、黄梧分三路进攻，荷军与马得功的400艘战船在烈屿会合。战斗中，荷军击沉郑军50艘战舰，但郑军绕至后方，击溃清军，马得功战死，荷军支援不及，郑军撤至厦门。当天晚上，荷军损失轻微，清军则退至浯屿。
20日，郑军在厦门与清军交战并取得优势，为避免与荷军正面冲突，放弃厦门南撤。郑军灵活避敌，仅3艘船被俘，大部分船只安全撤离。战后，郑军退守铜山，清军趁机攻陷金门、厦门，破坏城池、民宅，并对居民实施暴行。
清荷联军为清朝与荷兰东印度公司为了对抗郑氏王朝所组成的联盟。荷兰人自从被郑成功逐出台湾后，就亟思夺回台湾，便与清朝结盟。1663年，清荷联军于金门乌沙头击败郑军，顺势占领金门、厦门，迫使郑氏王朝退守台湾。此战役后，荷兰人重新占领了鸡笼，并以此为贸易基地，与郑氏王朝对峙。到了1668年，因补给困难和清朝实施迁界令，鸡笼的营运毫无起色，荷兰人遂退出了鸡笼。另一方面，清朝也因缺乏强大的水军，暂时放弃进攻台湾的打算，让郑氏王朝得以在台湾继续存续。