福州市城市地铁有限责任公司运营分公司成立于2014年2月，2015年1月1日正式挂牌。
运营分公司是福州市城市地铁有限责任公司下属分公司，主要负责福州市内地铁线路的运营管理、客运服务、列车运行组织、车辆和运营系统、设备的维护维修等工作。在地铁开通运营前，运营分公司主要负责运营前期准备及筹建工作，包括运营组织架构及人员的筹备，建立运营管理体系和安全保障体系，编制运营各项规章制度和管理文本，配合新建线路的单系统调试，开通试运营的组织工作等。开通运营后，运营分公司的主要工作是承担地铁运营客运服务、票务收益、设施维护、保养以及其他日常管理工作。
福州地铁运营以“贴心服务，温馨一路”为服务理念，致力于做优、做强、做出品质，以提高经济发展、改善市民出行和提升市民生活品质为己任，以拓展城市空间、改善地面环境、缓解交通现状为目标，努力创造更好的社会、经济和环境效益。
运营分公司下设车务中心、车辆中心、维修中心三大中心和人力资源部、财务部、安全技术部、物资部、企业管理部、综合部六个职能部门。经过前期的运营筹备，福州地铁初步构筑了运营组织架构、建立健全了运营管理制度体系、培养储备了运营专业人才梯队，为后期地铁运营提供了坚实的保障基石。近1年来，运营分公司紧锣密鼓地进行了各岗位人员招聘和培训工作，并全面推进分公司的制度建设。
截至2015年初，运营分公司已通过委培、校招及社会公开招聘等方式招聘人员1455人，已到岗572人，其中管理人员和技术骨干180人，委培、校招392人。公司已搭建起较为系统的内部培训体系，编制了《城市轨道交通控制中心及行车组织》、《运营主要指标与计算》、《机电设备简介》、《信号设备功能介绍》、《AFC系统培训》、《供电设备功能介绍》、《工建设备功能介绍》等教材，由公司内聘讲师授课，开展为期6至8个月的内训工作，同时委托上海申通地铁培训中心和广州轨道交通培训学院，正在对即将走向调度、司机、站务、变电检修、触网检修、通信、信号检修、车辆检修、AFC检修、机电检修、轨道线路检修、房建检修等一线岗位的员工（503人次），进行为期3至10个月不等的理论和上岗实操培训，同时还陆续安排各岗位人员到省、市相关部门参加28个特殊工种（涵盖高、低压电作业、熔化焊接与热切割作业、车辆维修、起重机械电气安装维修、叉车司机等）的取证培训和考试工作。制度建设方面，运营分公司先后出台了管理类、安全生产类、技术类、规章类制度53项，明确了二级单位组织架构和岗位职责。
近期正在全力推进福州地铁1号线行车组织规则、1号线南段运营筹备重点工作总体方案、地铁票价方案、运营用电电价申请方案等工作，并对新店车辆基地综合办公楼、司机公寓、培训大楼等项目进行预验收。同时还正在通过公开招标、竞争性谈判等方式确定新店车辆段基地员工食堂、安保、物业、保洁等各项委外服务单位，为新店车辆基地的入驻做好前期准备。
公司经营范围包括：地铁及城市（城际）轨道交通系统项目的运营管理及其设计、策划、建设；轨道交通系统设备、材料的租赁、销售；基础设施、公共设施项目的工程建设管理、招标及技术服务；利用地铁及城市（城际）轨道交通资源的经营项目进行策划、开发、管理；国内各类广告的设计、制作、发布。
