上海海关学院虽然作为广大考生和家长报考的一个热门，但不值得报考的原因在于目前报考这所学校性价比不高。性价比不高体现在以下的方面：首先上海海关学院位于上海，是海关总署直属的一所普通本科院校，在大多数省份都属于二本招生。但是由于它是行业特色院校，加上位于上海，所以它的录取分数连年攀升，在很多省份都比一本线还要高很多。其次学校小，能上的专业少，只有王牌专业优势明显。，最后专业报考要求严格，个别专业限制女生比例。
首先录取分数线偏高。上海海关学院在综合改革省份实行的是本科批录取，在传统高考省份实行的本科二批录取，但是学校的录取分数线却接近600分。以重庆市和安徽省为例，2021年上海海关学院在安徽省文科录取分数线为586分，理科为540分; 在重庆历史类录取分数线为566分,物理类为620分。从录取分数线来看，这完全不是二本的分数线,而是一本大学的录取分数线， 甚至在重庆物理类录取分数线达到620分,和985、211大学不相.上下，因此很多人认为高分报考一个二本还排名不高的院校不值得， 浪费分数。
其次学校小，能上的专业少。上海海关学院的王牌专业是海关管理，而在海关公务员考试中，其实也只有这一个专业优势较大，其他专业一样竞争非常大，但是海关管理专业通常实行的是本科提前批录取，专业录取分数线非常高，因此如果不能被海关管理专业录取的话，大多数人也不建议报考上海海关学院。
最后专业报考要求严格，个别专业限制女生比例。根据该校2021年招生章程，报考海关专业男性身高不低于168厘米，女性身高不低于158厘米,体型匀称;双眼矫正视力均不低于0.6 (标准对数视力4.8)，无明显视功能损害眼病;五官端正,面部无疤痕等明显特征和缺陷,无各种残疾。如果是报考海关检验检疫安全专业则要求双眼矫正视力均不低于1.0 (标准对数视力5.0)，无明显视功能损害眼病，且需要无色盲、色弱;双侧耳语听力均不低于5米，无口吃，嗅觉不迟钝。在男女录取比例上，海关管理、海关检验检疫安全专业录取的女生比例不超过30%。