1、部门职能不同：
财政局负责地方的财政工作，贯彻执行财务制度，按照政策组织财政收入，保证财政支出，管好用活地方的财政资金，促进工农业生产发展和各项事业发展。审计局主要负责地方政府各部门和所有企事业单位的审计监督工作。
2、机构内设置不同：
财政局机构内设置相对单一，主要以财政方面工作为主。审计局机构内设置相对复杂，一般设有办公室、财政金融审计科、行政事业审计科、经贸审计科、固定资产投资审计科、农业资源与环境审计科、干审科、干部经济责任审计办公室、内审协会等科室。
3、机构编制不同：
地方各级审计局均为行政单位，国家公务员编制。地方各级财政一般为事业编制和行政编制相结合。
4、职责范围不同：
财政局主要负责贯彻执行国家的财政税收方针、政策，财务会计方面的法令、条例及其它有关政策。制定地方财政发展规划，制定年度预算和编制年度决算，执行地方人大批准的年度预算，综合平衡地方财力。
审计局有关法规赋予审计机关的审计监督权限比较广泛，要求报送资料、检查权、行政强制措施权、提请协助权等。
扩展资料：
审计程序包括制定审计项目计划、审计准备、审计实施和审计终结四个环节。
1、制定计划，审计机关应根据国家形势和审计工作实际，对一定时期的审计工作目标任务、内容重点、保证措施等进行事前安排，作出审计项目计划。
2、审计准备，根据审计项目计划确定的审计事项组成审计组，并应当在实施审计三日前，向被审计单位送达审计通知书；遇有特殊情况，经本级人民政府批准，审计机关可以直接持审计通知书实施审计。上级审计机关对统一组织的审计项目应当编制审计工作方案，每个审计组实施审计前应当进行审前调查，编制具体的审计实施方案。
3、审计实施，审计人员通过审查会计凭证、会计账簿、财务会计报告，查阅与审计事项有关的文件、资料，检查现金、实物、有价证券，向有关单位和个人调查等方式进行审计，取得证明材料，并按规定编写审计日记，编制审计工作底稿。
4、审计终结，审计组对审计事项实施审计后，应当向审计机关提出审计组的审计报告。审计组的审计报告报送审计机关前，应当征求被审计对象的意见。审计机关对审计组的审计报告进行审议，提出审计机关的审计报告；对违反国家规定的财政收支、财务收支行为，依法应当给予处理、处罚的，在法定职权范围内作出审计决定或者向有关主管机关提出处理、处罚的意见。
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