鄂州市科学技术局根据其职能设置了六个内设机构，分别负责不同的科技管理工作。
(一) 办公室: 主要负责起草重要文件，会议组织，文电处理，提案建议，文书档案管理，以及政务工作如保密、政务公开等。还负责科技史志、年鉴工作，科技宣传和新闻发布，以及机关日常事务和后勤服务、车辆管理。
(二) 人事教育科: 负责机关和直属单位的人事管理、机构编制，包括党务、群团、计划生育、统战工作，以及机关党总支的日常工作。
(三) 科技计划财务科（市国防科技动员办公室）: 制定科技政策，推动科技创新和体制改革，负责科普规划，科研机构组建审核，科技类民办非企业单位登记，软科学研究计划实施，科技发展规划和年度计划编制，科技投入政策和经费管理，科技条件平台建设，高新技术企业认定，自主创新产品管理和重点新产品项目申报。
(四) 高新技术发展与产业化科: 制定相关领域高新技术发展及产业化规划，实施科技专项计划，推进高新技术产业开发区建设和管理，指导高新技术服务体系建设。
(五) 农村与社会发展科: 提出农业科技发展政策，实施农业科技专项计划，推进农业科技服务，组织农业科技成果示范，以及社会发展领域的科技发展规划和环保、生态科技等工作。
(六) 成果外事科: 负责科学技术奖励，社会力量设奖管理，科技成果登记、评价和推广，保密管理，技术市场发展政策，基础研究和国际科技合作项目的组织与实施，市政府科学技术奖励办公室的日常工作。
此外，还设有专门的纪检监察机构，以保证各项工作的规范和透明。
根据《中共湖北省委办公厅、湖北省政府办公厅关于印发〈鄂州市人民政府机构改革方案〉的通知》（鄂办文〔2009〕96号）和《中共鄂州市委、鄂州市人民政府关于印发〈鄂州市人民政府机构改革实施意见〉的通知》（鄂州文〔2010〕9号）精神，设立鄂州市科学技术局，为市政府工作部门。