内札萨克蒙古的早期历史中，原分为二十五个部，这些部后来被整合为五十一面旗。在康熙年间，归化城的土默特左右翼两旗被并入内属，增设了归化城副都统的职位。此后，内蒙古的结构经历了变化，乾隆年间，总共分为二十四部和四十九旗。这些地区被划分为六个盟区，以下是它们的分布:
哲里木盟: 包括科尔沁部和扎赉特部，各有一旗。
扎鲁特部: 有一旗。
郭尔罗斯部: 有二旗。
昭乌达盟: 包括敖汉部和奈曼部，各有一旗，以及巴林部，有二旗。
卓索图盟: 喀喇沁部有三旗，土默特部有二旗。
锡林郭勒盟: 乌珠穆沁部和浩齐特部，各有两个旗，苏尼特部和阿巴噶部，也各有二旗。
乌兰察布盟: 四子部落有一旗，茂明安部有一旗，乌喇特部有三旗。
喀尔喀左翼部: 有一旗。
伊克昭盟: 鄂尔多斯部有七旗，作为盟区的重要部分。