孙吴县的行政区划主要包括以下几个部分：
孙吴县的核心区域设有孙吴镇和辰清镇，这两处是县内的主要城镇区域，承担着部分行政管理和居民服务的职能。
在乡级行政区划方面，孙吴县拥有沿江乡、腰屯乡、西兴乡、卧牛河乡、清溪乡、正阳乡、红旗乡、奋斗乡和群山乡，这些乡主要负责农村地区的管理和农业生产。
此外，县内设有多个林场，如大河口林场、平山林场、正阳山林场、沿江林场、前进林场、向阳林场、红旗林场和辰清林场，这些林场主要负责林业资源的管理和保护。
在农业支持性设施方面，有一个良种场和一个种畜场，为农业生产提供优良的种子和动物种群，促进农业发展。
县内的城市化进程也得到了体现，设有1个城区街道办事处，负责城区的居民服务和城市管理。
最后，孙吴县的行政管理细化到最基层，由94个行政村覆盖全县，每个村庄都是县一级政府直接管理和服务的对象。
孙吴县隶属于黑龙江省黑河市，地处中国东北边陲，隔黑龙江与俄罗斯相望，边境线长38公里．位于东经126度 40分──128度，北纬48度59分──49度42分。东西长73公里。南北宽61公里， 总面积4454平方公里，现在全县人口为15万人（含农场），城区人口8万，乡镇人口7万。设孙吴、辰清2镇，8个乡和1个民族乡，县政府驻孙吴镇。