生存分析作为分析疾病/癌症预后的出镜频率超高的分析手段,而其结果展示的 KM曲线也必须拥有姓名和颜值 !
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生存分析和KM曲线: R|生存分析(1)
分析结果一键输出: R|生存分析-结果整理
时间依赖生存分析: R|timeROC-分析
为方便,使用内置lung数据集
可以很容易的发现与文献中的差异,可优化:
1)区分两条线的颜色和legend
2)坐标轴,标题,主题优化
3)Risk table
4)P值,OR值,CI值等注释信息
呐,线的颜色可以和性别对应起来了,Q1解决!
以上基本就完成了KM曲线颜色,线型大小,标签,横纵坐标,标题,删失点等的修改,Q2搞定!
注意中位生存时间表示50 %的个体尚存活的时间,而不是生存时间的中位数
注 tables.height可调整为看起来“舒服”的高度
根据risk table 可以看出关键点的当前状态,Q3摆平!
1)添加KM的P值
pval.coord可以调节P值得位置
2)添加COX回归hazard ratio值等相关信息**
3)添加其他信息
可类似上述annotation得方式,使用ggplot2添加文字,箭头,公式等其他信息,下面为你可能需要的ggplot2的几个知识:
ggplot2|详解八大基本绘图要素
ggplot2|theme主题设置,详解绘图优化-“精雕细琢”
ggplot2 |legend参数设置,图形精雕细琢
ggplot2|ggpubr进行“paper”组图合并
参考资料:
更多参数参见官方文档: https://github.com/kassambara/survminer
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