1916（大正5）年，日本动画奠基人下川凹夫、幸内纯一和北山清太郎三人开始制作准备公映的动画作品。当时，以日式名字命名的国外动画片《凸坊新画帖》系列，在日本非常受欢迎。
1917（大正6）年，由下川凹夫制作的日本首部动画《芋川掠三玄关番之卷》完成，并与1月在东京浅草电影俱乐部公映。同年，幸内纯一制作的《塙凹内名刀之卷》和北山清太郎制作的《猿蟹合战》相继公映。他们三人被称为日本动画之父。
1921（大正10）年，日本文化省开始实施电影及动画片的推荐制度，大力扶持教育性影片。另外还积极地利用孩子们喜爱的动画片，制作了许多政府机关的PR动画。在电影放映的计划中必须安排一部主旨为思想动员的动画作品。
1923（大正12）年发生了关东大地震，关东一带毁于一旦。在之后的10年中，日本动画制作进入停滞期。
1932（昭和4）年，由政冈宪三制作的日本首部有声动画《力量与女人的社会》完成，并于第二年春天公映。
1939（昭和14）年，第二次世界大战爆发到包括战败后10年间。日本动画出现了第二次停滞期，大约持续了20年。战败后，化为焦土的日本处于连食品都没有的穷困境地，没有多余的精力制作动画。
1943（昭和18）年，濑尾光世制作完成并公映了日本首部长篇漫画电影《桃太郎之海鹫》，片长37分钟。
1945(昭和20)年4月日本战败以后，公映了战前巨作《桃太郎海之神兵》。这部动画由日本海军部出资，为了宣扬军国主义思想，迎合对外侵略的需要。以海军伞兵部队的活动为题材的黑白片，是一部74分钟的长篇作品。因为东京遭受了严重的空袭而被烧成一片废墟，所以当时几乎没有观众。 1945年，日本战败后，反战题材的动画影片颇受欢迎且影响深远，期间的代表人物是被日本动画界誉为“怪人”的动画大师——大藤信郎，他于1927年拍摄了黑白版的《鲸鱼》，并于1952年摄制完成了彩色版的《鲸鱼》，该部动画片成为首部获得国际大奖的日本动画片。大藤信郎把流传在中国数千年的皮影戏和日本独有的千代纸结合起来绘制动画，创作了《马具田城的盗贼》（1926年）、《孙悟空物语》（1926年）、《珍说古田御殿》（1928年）、《竹取物语》（1961年）等。大藤信郎在日本知名度极高，以他的名字命名的“大藤奖”更成为日本一流的动画片奖项。
20世纪六七十年代，手冢治虫成为日本动画界的标志性人物，被誉为“日本动漫之父”。他创作了一系列精美的动画剧，将日本动画片的水平提升到前所未有的档次。其中的代表作品包括《铁臂阿童木》（1963年）、《森林大帝》（1965年）。1966年，手冢治虫创作了《展览会的画》，开始对实验性动画片进行探索。
1963（昭和38）年9月15日，富士电视台深夜栏目开始播放的《仙人部落》是TCJ第1部作品。这是一部面向成人的电视动画，原作为小岛功，制作公司是日本电视（Television Corporation of Japan）。也就是以《海螺小姐》闻名的EIKEN。
1969（昭和44）年10月5日，《海螺姑娘》于富士电视台首播。至今持续了43年之久，作为动画剧，不断刷新历史上的长寿记录。原作是长谷川町子以4格漫画连载于《朝日新闻》的《海螺姑娘》。每集由3个故事组成。尽管是一部平平淡淡地描写三世同堂的矶野家日常生活中鸡毛蒜皮的家庭片。但收视率几乎肯定在每周公布的前十名里。 1974年，日本动画进入了成熟期。
70年代初期，日本涌现出大批科幻机械类动画（即Science Fiction动画，简称SF类动画）的动画大师，代表人物有松本零士、富野由悠季、河森正治、美树本晴彦等。其中最著名的富野由悠季是“GUNDAM”系列的创始人之一，他执导了《机动战士高达》（1979年）、《机动战士高达-夏亚的逆袭》（1988年）、《机动战士高达 F91》（1991年）、《Turn A GUNDAM》（2000年）等SF类动画电影。1982年，河森正治在为《超时空要塞Macross》担当机械设定时，开始崭露头角，随后他出任导演监制了《超时空要塞》的系列剧场版动画影片。
鲁邦三世，也在70年代成功转型向少年化，取得了巨大成就，TV2系列更是真正使日本观众把动画与漫画结合，开创了动漫时代，取得了从学生至成人们的一致好评，八九十年代也成功的海外进出。据统计拥有惊人的13.5亿人的粉丝，至今已有43年历史并仍在放送中。同期的宫崎骏摆脱了SF类动画风格的局限，以剧场版动画为契点，走出了一条“宫崎骏式”的唯美、自然、清新的风格，传达着天、地、人、神的和谐。影片的思想触及人类心灵的深处，启发着人对神的敬畏，对生命的思考。1984年的《风之谷》奠定了宫崎骏日本动画宗师的地位。2001年宫崎骏摄制的《千与千寻》获得第52届柏林国际电影节金熊大奖和第75届奥斯卡最佳动画长片奖。宫崎骏在日本已成为动画的代名词，其成就与地位无人能及。宫崎骏的著名作品还有《卡里奥斯特罗之城》（1979）、《天空之城》（1986）、《龙猫》（1988）、《魔女宅急便》（1989）、《红猪》（1992）、《On Your Mark》（1995年，与侧耳倾听同时放映的短篇动画）、《侧耳倾听》（监制、编剧、绘分镜）（1995）、《幽灵公主》（1997）、《哈尔的移动城堡》（2004）、《悬崖上的金鱼公主》（2008）等。
20世纪80年代末到90年代初，日本动画进入OVA动画片（Original Video Animation，原创动画录影带）的黄金时代。平野俊贵分别于1988年和1989年摄制的《吸血姬美夕》、《冥王计划ZEORAIMA》开创了日本OVA版动画的鼎盛时期。 在20世纪90年代，日本动画产业的进一步完善，日本动画的种类、形式、内容、题材以及从业人员发生了明显的细化。随着动画风格的多样性，日本动画进入细化阶段。
在这一期间，日本动画的种类丰富多样。有以浅香守生为代表的美少女动画，作品有《魔卡少女樱》（1998年）、《Chobits》（2002年）、《GALAXY ANGEL》（第一部：2001年；第二部：2002年）；有以大地丙太郎为代表的搞笑动画，作品有《邪流丸》（1998年）、《水果篮子》（2000年）；另外，押井守创作的《攻壳机动队》（1995年），自成一种风格，以得到观众的认可；今敏创作的《千年女优》（2002年），采用了扑朔迷离的叙事手法，探索了一种全新的动画表达方式。总之，日本动画以“机器人”、“美少女”为契点，走出了一条独特的深具自身民族特色的动画之路。
据统计，1960-2001年，日本共出产电影版和电视版的动画片2403部，其中电影版901部，电视版1502部。日本的动画制作公司群雄林立，其中的代表为东映动画、吉卜力工作室、GANIAX、Sunrise等。
此外，还有日本key社的AVG帮助下的动画片《kanon》、《air》、《clannad》、《Angel Beats》、《Little Busters》等动画片。
发展阶段：
“二战”后的半个多世纪以来，漫画在日本的社会地位及人们对它的认识在不断变化。手冢治虫把日本现代漫画发展划分为六个阶段。
第一阶段（二战后的头十年）：“玩具时代”，漫画只是供孩子娱乐的道具。
第二阶段：“清除时代”，漫画被视为低俗浅薄的读物。
第三阶段：“点心时代“，父母和教师勉强允许孩子可以在不妨碍学习的条件下看一点漫画。
第四阶段：“主食时代”，1963年TV动画《铁臂阿童木》在电视上连续放映，许多家庭中的大人和孩子一起观看，漫画得到社会肯定。
第五阶段（二十世纪70~80年代中期）：“空气时代”，漫画已经成为青少年生活中不可分割的一部分。
第六阶段（二十世纪80年代中期以后）：“记号时代”，漫画成为青少年之间相互沟通的记号。
兴旺原因：
需要特别指出的是，日本动画产业的兴起与发达，和东方民族天生排斥自我的特性有很大关系，这种民族特征直接提高了日本对动漫产业的重视程度，详情见参考资料《当动画超越真实》。
另一方面，日本社会是一个高度繁忙的社会，许多日本人，尤其是年轻人，面临着各种各样的压力，在这样的情况下，充满对美好生活向往和带有各种神奇幻想的动画就成了年轻人减压与放松自己的绝佳方式。
按类型分类：
情感；推理；动作；战争；后宫；宠物；历史；搞笑；机战；少年；冒险；治愈；童话；格斗；
少女；悬疑；科幻；竞技；社会；神魔；热血；校园；耽美；原创；魔法；教育；恐怖；惊悚；
政治；哲理；经典；励志；伦理；恶搞；血腥；言情
按版本分类：
电视动画：电视频道上播映的动画作品。
剧场动画：影院公映的动画作品，是日本动画按传播方式分类的一种，在中国又被称为电影版。
OVA（OAD）：原创动画录影带，其中OVA是单独发售，OAD是随书发售的。
动漫音乐：一部动漫作品中的音乐，包括主题音乐和背景音乐。
