成都市第三人民医院的特色科室众多，其中消化内科作为重点学科，配备了高级设备和专业医师团队，擅长食道、胃肠、肝胆胰疾病的诊治，内镜超声技术在国内享有盛誉。常规诊疗包括内镜超声、手术和血管介入，提供疑难重危疾病的诊断与治疗。骨科分为脊柱、创伤和关节专业，设备齐全，擅长各类手术及骨科疾病治疗。肾脏内科专攻肾病，拥有多个亚专业处于市内领先，提供血浆置换、CRRT、免疫吸附等先进血液净化技术。
门诊信息方面，消化内科和骨科设有特色门诊，肾脏内科以肾病综合症治疗为特色。医院注重科研与健康教育，举办健康讲座和专家门诊，承担多项科研项目，发表多篇论文，培训医师。神经内科和心内科是重点学科，心内科尤其在心脏介入诊疗方面表现出色，开通了冠心病绿色通道。
医院的其他科室如肝癌治疗方面，是省内多电极射频消融的先驱，举办过省级学术研讨会。妇产科设有妇科和产科，专家经验丰富，擅长各类手术，包括恶性肿瘤。儿科作为三级甲等医院，新生儿和发育行为等特色专业突出，医生技术力量雄厚。神经疾病研究所神经内科亚专业全面，脑血管病和神经康复领域处于领先地位。
心血管病研究所是心脏疾病防治的重要平台，心血管内科作为重点专科，拥有国际先进的设备和高素质团队，包括多名国家级和省级专家，开展心脏介入诊疗，包括冠状动脉手术和射频消融，为患者提供高效治疗服务，年门诊住院量居省内前列，深受好评。心内科在研究与创新上成果丰硕，多次获奖并发表专业文章。
成都市第三人民医院暨重庆医科大学成都第二临床学院（成都市红十字会第三医院）是成都市人民政府举办的国营非营利性医疗机构，是一所集医疗、科研、教学、预防、保健、康复为一体的市属重点综合性三级甲等医院、国家级爱婴医院。