建立以企业为主体的创新体系，并不意味着政府从此“放手”不管，关键是要处理政府主导和市场机制的关系。在当前市场机制还不够完善、核心技术和关键技术急需发展的情况下，应强调政府的主导作用，发挥政府在加强科技宏观管理、政策支持、培育市场、营造有利于科技创新和人才成长的发展环境方面的支持作用。同时引入市场竞争机制，作为开展技术创新的重要动力，坚持以市场为导向，有效整合科技资源，激发创新体系中各种要素的创新活力。
王殿甫说，单个企业的研发实力不足，可以通过政府的政策调控，在一定程度上加以弥补。他举例说，彩色模拟电视兴起时，国内电视企业与索尼、松下等企业的研发实力“不可同日而语”，但依靠集体的力量，中国掌握了彩色模拟电视的部分核心技术，到20世纪90年代初部分电视生产线已经实现了国产化。
今后，对涉及电子信息产业发展全局的关键、核心技术，同样要举全国之力，才能取得原创性突破。技术创新活动是一根完整的链条，这一“创新链”包括哪些内容呢？分析人士认为，孵化器、公共研发平台、风险投资、围绕创新形成的产业链、产权交易、法律服务、物流平台等等，是这个“链条”的重要环节。
专家指出，推动以企业为主体的产业技术创新体系建设，要围绕技术研发、专利、知识产权以及标准等，构建一整套的产业机制架构。包括围绕产业重大应用和关键技术突破，形成一系列以企业为主、科研机构和院校等共同参与的技术联盟；推动和完善以企业为主体制定标准的工作体系，加快第三代移动通信、数字电视、下一代网络、宽带无线移动通信技术等对产业发展具有重大影响的技术标准研制。
倪光南认为，政府主导并不等于政府“唱主角”，而是意味着政府主要职责从“唱戏”变成了“搭台”，从组织技术创新变成了完善创新环境。“863计划”计算机主题专家组组长怀进鹏说，政府在支持企业自主创新上单纯给钱设项目是远远不够的，重要的是努力营造宽松的创新环境，让整个创新链完整起来、活跃起来。确切地说，政府的科技投入和政策设计，应该围绕整个创新链的薄弱环节来有目的地布置力量，让企业内生的创新力量顺畅高速地流动起来。
