农田水利建设难题主要有 ：
土地出让收益难修水
投入不足是造成农田水利建设落后的主要原因。为此，2013年中央“1号文件”第一次提出从土地出让收益中提取10%用于农田水利建设。土地出让收益指的是政府出让国有土地使用权取得的土地出让收入，扣除当年从地方国库中实际支付的征地和拆迁补偿支出、土地开发支出等相关成本性支出项目后部分。
这一指标含金量极高。2010年全国土地出让金总额高达2.9万亿元，其中收益约8000亿元，依照10%的比例推算，用于农田水利建设的新增资金将达800亿元，这超过了2010年中央和地方财政资金总和。
由于土地出让收益大多掌握在区县政府，而中央和省对县区级政府能否足额提取并没有多少有效的控制手段。在过去数年，中央“1号文件”也曾提出15%的类似提法，但实际落实并不理想。
土地出让收益已经成为地方政府预算外收入最主要的来源，有些地方其占比重高达70%，成为地方政府的“第二财政”。但由于没有纳入预算管理，使用不规范，就连全国土地出让的具体数字，国土部门和财政部门的说法也各不相同。
熟悉内情的人士认为，一些地方采取将土地出让金的成本做大,从而减少实际收益。
为此，有学者提出改土地出让收益为土地出让金，按土地出让总收入提取一定的比例，浙江省提出土地出让收入的2%用于农田水利建设。据悉，2%-3%的比例获得更多认可。
由于各级政府多有负债，土地出让金维系政府运转作用日益突出，各级政府少真金白银用于农田水利，并不被部分学者和官员看好。水利部门一位官员估计，最多可落实500亿元。
另一个棘手问题是土地出让收益地区不均衡问题。约75%的土地出让收益集中在东部，但很多东部地区的农田水利建设任务并不重。中西部地区，尤其是农业大县，农田水利建设欠账多，建设任务重，而土地出让收益往往很少。
为此，相关部门提出了跨区域统筹使用的建议，但这遭到了部分发达省份的反对。上述专家认为，东部地区的土地出让收入是比较多，但要做的事并不少，而且建设规格比西部地区高，建设资金需求并不小。
水利部农村水利司副司长倪文进告诉《财经》记者，财政部、水利部正在积极研究具体的落实政策。水利部建议中央和省统筹一部分土地出让收益，支持粮食主产区、中西部地区改善农业生产条件。
中国科学院-清华大学国情研究中心副主任王亚华建议，在加强跨区域的转移支付的同时，制定相应的政策，允许东部地区的土地出让收益用于非农田水利的水利建设项目。
财政部、水利部印发一份农田水利建设资金计提、清算的具体办法的文件——《关于从土地出让收益中计提农田水利建设资金有关事项的通知》，文件要求各地足额提取、定向使用，将10%的土地出让收益用于农田水利建设。
文件规定，农田水利建设资金实行专款专用，专项用于农田水利设施建设，并重点向粮食主产区倾斜。具体使用范围包括：小型农田水利设施、田间工程和灌区末级渠系的新建、修复、续建、配套、改造；山丘区小水窖、小水池、小塘坝、小泵站、小水渠等“五小水利”工程建设；发展节水灌溉，推广渠道防渗、管道输水、喷灌滴灌等技术；牧区农田水利建设。同时，也可以用于上述农田水利设施的日常维护支出，但不得用于人员经费、公用经费等经常性开支。
中央政府如何统筹，方案尚未最后敲定，但提取比例极有可能为30%左右，约900亿元。
地方政府配套分歧
中央“1号文件”出台后，一些县市水利局、发改委便忙碌起来，加紧制定规划，上报项目。据了解，一些原本要上马的项目被加快推进，另一些因资金困难而无法上马的项目也有望争取到。
“有了项目才有钱，没有项目，不可能搞来钱先放着让你再统筹使用。”山东水利部门一位官员告诉《财经》记者。由于所有的水利资金都是以项目形式划拨，申报项目，争取国家相关部委支持，成为当下一些地方政府的急务。
不过，随着中央水利投资的大幅增长，地方政府的配套缺口和压力也越来越大。
《财经》记者在多省采访了解到，县市预算内资金往往用于项目的前期规划，中央投入多少、地方配套多少的“钓鱼政策”，演变成了地方的“反钓鱼政策”，即在中央投资到位后，地方承诺的配套资金并未到位。
2010年的统计数据也证明了这一点，全年农田水利基本建设投资1139.15亿元，其中市级政府和县级政府，投资额仅仅是97.86亿元和152.75亿元，刚刚超过两成。
社科院农村发展研究所课题组认为，水利资金投入结构变化可分为三个阶段，第一阶段是1988年-1996年所有水利骨干项目投资均由中央财政承担；1997年-2003年在中央财政资金的引导下，地方政府逐步增加对项目的配套，通过组织和动员，扩大自筹资金的投入比重；2004年后，在中央财政资金带动下，地方财政配套和自筹资金逐步成为项目的投资主体。
“十一五”期间，中央水利建设投资2934亿元，地方水利建设投资4000多亿元。但业内人士分析指出，地方水利建设投资增长主要得益于省级政府，在4000多亿元中，省级投入2947亿元，占七成以上，拥有大量土地出让收益的区县政府投入仅占两成。
水利建设投资渠道较多，例如预算内固定资产投资、财政专项资金、水利建设基金、金融机构贷款、外资及其他社会资金。由于农田水利项目公益性强，社会资金往往不愿意进入，政府财政资金仍然是投入的主要来源。
《财经》记者在多地调查发现，无论东部还是中西部地区县市官员均认为，中央应该加大投入，减少地方配套。中央一些部委官员则认为，预算外的土地出让收益较多，应该加大对农田水利的投入。
与投入渠道同样重要的，是农田水利建设资金的整合机制。
全国人大2009年的一份专题调研报告指出，农田水利建设直接投入项目有九项，涉及国家七八个部门和更多的运行环节。其中国家发改委和水利部负责大型灌区续建配套、节水改造、灌排泵站改造等项目；财政部和水利部负责小型农田水利建设补助专项资金；国家农业综合开发办负责农业综合开发中低产田改造项目；国土部和财政部负责土地开发整理项目；国家发改委、农业部负责大型商品粮基地和优质粮产业工程项目等。
由于涉及部门较多，所以资金整合难度大，这势必会影响资金使用效率，且项目监督评估难度大。
社科院农村发展研究所研究报告建议，加大省级资金整合力度，省财政积极协调、归并和本级安排的有关涉及农田水利建设资金；县级政府在农田水利建设总体规划引导下，打捆使用农业综合开发、土地整理、灌区续建配套与节水改造等资金。
管护新机制难建立
政府举办的专门管理机构运转困难，而对末端渠系管理的民间组织——农民用水协会，实际上也是运转困难，往往难以发挥作用。
在实际运行中，农民用水协会经费难以保障，仅靠收水费对工程进行简单的清淤维修，难以解决根本问题，从而导致农民对协会失去信心，甚至导致协会难以运转下去。
社科院农村发展研究所研究报告认为，农村水利设施管护主体缺失和能力不足是存在的突出问题。今后政府应该通过产权、补助、补偿等多种方式，大力扶持用水合作组织，从根本上解决管护难题。
