杨岐（歧）普通寺始建于盛唐时期，已有1200余年的历史，是中国佛教禅宗五家七宗临济宗下一大支派——杨岐宗的祖庭。杨岐普通寺初名广利禅寺，乘广禅师唐宝十二年（753）首创，后甄叔禅师得嗣其法，于塘大历年间（766~779）新建法堂、僧舍，规模较大。
唐玄宗天宝十二年（公元753年）乘广禅师从洛阳南游至江西萍乡杨岐山。见杨岐风景秀丽，气候宜人，又得杨岐檀越黎氏建高，建球兄弟施献山地及巨额资金，禅师诛茅肇基，创建“广利寺”。
唐代宗大历八年（公元773年），马祖道一弟子甄叔禅师来到杨岐寺，参乘广为师，与师合力弘扬佛法。
唐宪宗元和二年（公元807年），甄叔禅师诚邀唐进士，人文学家朗州司马刘禹锡为乘广禅师撰碑铭。同年，甄叔禅师为纪念乘广禅师碑落成，于正殿后山上，手植唐柏一棵。唐柏至今犹存，且列入江西省省级重点保护文物。
北宋仁宗时，禅宗四十五世，临济八世，杨岐初祖方会禅师，受众请来杨岐山广利寺执掌法席。方会禅师在此创杨岐（歧）宗，将广利禅寺改名为普通寺。方会禅师创立的杨岐宗蔚为全国禅宗中最大宗派。并在黄龙宗衰竭后复称临济大宗，传法东南亚，远至欧美。
1957年7月1日，江西省人民政府将杨岐普通寺、唐塔和唐柏，列为省级文物保护单位。
1995年，江西省人民政府将杨岐列为旅游区，曰：“杨岐山风景名胜区”。
2010年，被列为重点开发风景区，隶属于杨岐（歧）山风景区管理。
2010年2月，禅宗92世，杨岐48世，江西云居山真如寺首座和尚慧通老和尚，在萍乡当地政府和檀越居士诚邀下，欣然应承出任江西杨岐普通寺住持，意旨恢复、振兴杨岐宗祖庭杨岐普通寺。2010年5月，慧通老和尚携弟子道源法师正式入主杨岐普通寺。
2012年，中国佛教协会副会长、嵩山少林寺方丈释永信在萍乡市人民政府和当地檀越居士诚邀下，应允继承慧通老和尚恢复、振兴杨岐普通寺和杨岐宗遗愿，出任杨岐普通寺住持。并于2012年9月28日，来到杨岐普通寺执掌法席 。
2013年6月，国务院公布第七批全国重点文物保护单位，杨岐普通寺的两个“国宝”：乘广禅师塔和甄叔禅师塔，被正式列为国家重点文物保护单位。
