焉耆是古丝绸之路中道重镇，南北疆交通要道上的物资集散地和区域性商贸中心。公元前1000多
年前，开都河流域已有人类活动。秦时（公元前246—209年）焉耆名为敦薨。在《佛国记》、《水经注》中写作“乌彝”。秦汉时期（公元前246—206年），焉耆盆地绿洲出现了许多“城廊诸国”，焉耆即为当时的三十六国之一，扼中西交通的咽喉。公元前121年西汉在焉耆屯田。公元前60年，西汉在乌垒设西域都护府，正式行使国家行政权力，焉耆归属西域都护府。北魏（公元448年）在焉耆设镇，唐代（公元648年）在焉耆设都督府。唐代高僧法显、玄奘去西天——天竺取经取道焉耆时，焉耆已是西域佛教胜地之一。元朝初年（公元1218年），蒙古西征，在西域设立别失八里行省，焉耆地处别失八里东境，为一重镇，设宣谕司。清代（公元1884—1898年）在焉耆设立厅、府，管辖今巴音郭楞蒙古自治州所属各县市。民国（1920年）设焉耆道，后改为焉耆行政督查专员公署。中华人民共和国成立后， 1950年4月12日成立焉耆区专员公署。建国初期，焉耆是巴音郭楞蒙古自治州首府。1954年3月4日成立焉耆回族自治区人民政府，1955年2月改为焉耆回族自治县人民政府。 焉耆是历史上的名城，汉唐时（公元220—618年）有员渠城。明末清初（公元1628—1644年），在焉耆镇一带已形成村落。清乾隆年间（公元1736年）建协顺城（喀喇沙尔老城）。清嘉庆年间（公元1796年），焉耆城已具雏形。清同治年间（公元1862年）建安集延回城（兵城）。光绪年间（公元1875年）建喀喇沙尔新城（今焉耆镇一带）。今焉耆镇一带为光绪初年所建，系协顺城南。新中国成立后，城镇规模逐年扩大。1977年进行县城总体规划，并新建扩建城镇街道。中国改革开放以来，焉耆县把城乡建设、环境保护纳入科学管理轨道，建成了一批与群众生产、生活息息相关的道路、饮水、照明、公园和防洪工程设施。80年代以来，城镇建设初具规模，近段时间来城镇建设发生了巨大变化，先后荣获新疆维吾尔自治区卫生红旗县城、国家卫生县城、全国平原绿化达标先进县、全国城市环境综合整治先进县称号。
唐安西四镇之一
唐显庆三年（658年）置。咸亨元年（670年）罢废。调露元年（679年）复置安西四镇时为碎叶所代。驻地在今新疆焉耆回族自治县博格代沁古城。
