江苏省交通运输厅下属多个机构负责具体行政管理职能，其中包括公路、运输、港口、海事、航道、工程质量监督和建设管理等方面。以下是各机构的主要职责：
1. 省交通运输厅公路局（省高速公路路政总队）
2. 省交通运输厅运输管理局（省交通运输厅运政稽查总队、省城市客运管理办公室）
3. 省交通运输厅港口局
4. 省地方海事局（省船舶检验局、省水上执法总队）
5. 省交通运输厅航道局
6. 省交通运输厅工程质量监督局（省交通运输厅工程定额站）
7. 省交通运输厅建设管理办公室
此外，省铁路办公室的职责、机构设置和人员编制由相关文件规定。综合运输体系规划方面，省交通运输厅与省发展和改革委员会等共同建立协调机制，编制规划并处理相关重大问题。城市地铁和轨道交通运营归省交通运输厅指导，规划和建设则由省住房和城乡建设厅负责。
根据《中共中央办公厅国务院办公厅关于印发〈江苏省人民政府机构改革方案〉的通知》（厅字〔2009〕21号）和《中共江苏省委江苏省人民政府关于印发〈江苏省人民政府机构改革实施意见〉的通知》（苏委〔2009〕252号），设立省交通运输厅，为省政府组成部门。