试管婴儿过程中真正的创伤性的操作是取卵，但是取卵是在全麻下进行的，手术过程不过几分钟而已，所以不是什么问题。但是长久的打针对于某些人来说就是痛苦和难以忍受的，所以要做好长期打针的心理准备。
取卵是创伤性的，而促排卵治疗对女性的也有一定的伤害。
为了提高试管婴儿的受孕率，很多女性朋友要进行促排卵治疗，一般来说，女性每个月只排一个卵，而这种治疗是让女性一次性排除多个卵子，这样就很容易造成女性内分泌紊乱，甚至是月经失调。
使用促排卵激素会增加肿瘤的发生率？答案是否定的，大剂量的促排卵药物对于卵巢肿瘤和子宫以及乳腺肿瘤的关系并没有明确相关联系。而且，促排剂量也没有想象中的用那么多，卵泡也不是促的越多越好，新的方案如微刺激和自然周期方案用的比较多些，主要是针对年龄偏大的病人，因为其排出的卵子数量较少，甚至质量没有很好。
试管婴儿对女性是有一定的伤害，但是不可否认的是，试管婴儿给生育困难的人群带来了一定的希望。
在IVF周期中有几种潜在的疼痛来源。第一个开始在实际的取卵之前，为了能够取出更多的卵子，一般会采取注射用药的方法来促使卵子发育，这些是用小针和现代注射笔装置完成的，几乎每个人在第一次注射时都会感到害怕并且觉得疼痛，但最初的焦虑之后，大多数女性都表示注射疼痛几乎可以忽略。
当多个卵子开始长大时，下一个潜在的疼痛来源就是卵子发育引起的腹胀。这是一个比较常见的现象，如果要减轻这种感觉，唯一的办法就是控制促排卵的数量，不过需要注意的是，卵子数量的减少有可能造成最后IVF成功率的下降。但实际上，大多数具有良好控制刺激的女性只是感到腹胀，而很少经历任何真正的痛苦，只是会觉得身体不舒服而已。
有人会认为取卵过程会很疼。因为要通过将一条细长的针穿过阴道进入卵巢，进行取卵，许多女性都会在手术前非常紧张，认为肯定会有特别疼。但实际上，得益于现代麻醉的奇迹，在手术过程中疼痛感基本为零。在取卵过程中，一般情况下将会有专业的麻醉师对您进行全麻并时时监测您的状态，整个取卵基本上会半小时左右结束，然后你只需要在诊所休息一会儿就可以回家了。在取卵后的几天（有时是1-2天），你可能会觉得有些下腹酸胀，这通常是正常的术后反应，不用特别的担心，但是如果出现剧烈疼痛或一些其他较严重的不适感，就应该及时到医院进行检查。
试管婴儿受精的过程是在体外的实验室进行的，在受精成功并培养3-5天后，会将胚胎移植回子宫。整个移植的过程会让你感觉不太舒服，通常在取卵后，医生会要求您开始使用孕激素，这是一种注射剂，由于注射用针较大，因此感觉会更痛苦些，对于一些无法忍受的人可以选择以其他非注射形式服用孕酮，如阴道栓剂等。而在移植过程中，有可能会通过镇静剂来应对伴随移植带来的痉挛。
事实上，当前的试管技术没法达到完全无痛操作，在试管婴儿过程中的某个步骤的确会让人感觉到疼痛或不舒服，但这种疼痛是一般人都可以忍受的。尤其比起分娩时的痛苦来说，这些不适可以说是微不足道的。不过令人安慰和期待的是，这些痛苦之后是成为一个母亲的回报！