上海巴斯德各管理委员会 分别由科研人员和管理人员共同组成，分别对科研、研究生教育、公共实验室及公用设备、生物安全，财务、基础设施等方面事务进行管理。各管理委员会向所长办公会负责。学术交流委员会 主任：周保罗
成员：杜文圣、孙兵、蓝柯、钟劲、丰田哲也、冷启彬、陈荣，李斌，黄忠，张岩，王建华
秘书：叶平扬（学术） ，吴宁（人才招聘）
职责：-指导本研究所学术交流活动；-审阅并指导本研究所科学研究中所涉及的伦理问题；-根据研究所的规定和预算，审阅批准邀请国内外知名学者来所做学术报告计划，-学术委员会主任代表研究所参加生科院学术委员会常规会议。-评审研究组长、副教授以上人才引进； 审阅应聘人员资格，提出邀请参加面试名单。 主任：钟劲成员：杜文圣、孙兵、蓝柯、周保罗、丰田哲也、冷启彬、陈荣，李斌，黄忠，张岩，王建华
秘书：吴宁、蓝瑛
职责：-根据有关条例，制定本研究所研究生培养计划；制定本研究所研究生导师条例，审查本研究所研究生导师资格并上报上级主管部门；根据有关条例，制定本研究所学位授予标准；负责本研究所研究生学位评定并报上级主管部门?教育与学位委员会主任代表研究所参加生科院及上海分院学位及教育委员会常规会议。 主任：丰田哲也成员：杜文圣、孙兵、蓝柯、周保罗、钟劲、冷启彬、陈荣，李斌，黄忠，张岩，王建华
秘书：卢致昭、高鸿翔职责：-讨论、提出大型公共仪器设备的选型、招标和购买的建议，报研究所审批。 -讨论、决定公共仪器设备的管理方案；-建立公共实验室管理规定. 主任：杜文圣 成员：丰田哲也、孙兵、蓝柯、周保罗、钟劲、冷启彬、陈荣，李斌，黄忠，张岩，王建华
执行小组：高瑄、卢致昭、贾晋华、周晶王璐、莫筱卫
职责：-从科学角度对生物安全管理提出建议；-参与研究所生物安全管理规章制度的制定；-根据中国法规和危险评估标准，对生物学实验的样品生物安全级别提出建议-审批感染样品、实验动物、DNA重组、转基因微生物体相关的实验操作规程；-制定并修订本研究所生物安全管理规定和操作规程；-负责本研究所生物安全培训；-监督本所生物安全管理规定和操作规程的落实与执行-对本所生物危害程度进行评估；进入本研究所P2/P3的授权；-制定实验室事故预防措施与应急预案，与相关部门协调，确保本研究所生物安全；负责本单位实验室生物安全事故应急处理并及时上报上级有关管理部门；-本研究所生物安全事件、事故的仲裁。 主任：姜卫红副主任：陆和平成员：董俊
职责:从经费和人力资源方面向所长办公会提出建议和咨询。
基础设施委员会
主任：姜卫红
副主任：蓝柯 成员: 陆和平、卢致昭、高鸿翔、贾晋华
职责：组织实施P3实验室建设；负责联络协调岳阳路巴斯德所新实验大楼建设；保障研究所在不同园区的基础设施正常运行。
宗旨 根据国家公众健康需求，通过面向应用的基础研究、为公众健康服务和教育，为传染性疾病的预防和治疗做出贡献。研究生教育包括硕士和博士研究生培养、专业人员的培训结合中国科学院和巴斯德研究所国际网络的资源优势，努力创造国际化的教育和培训环境，为生物医学界培养高质量的创新型人才。
主要任务 传染病（特别是病毒性传染病，包括艾滋病、呼吸道疾病如SARS和禽流感、肝炎、脑炎等）的致病机理研究; 基于基础研究，发展公众健康事业所需的应用技术，建立生物医学技术平台；开发新的诊断技术、预防疫苗和治疗药物；开展传染病及其防控知识的教育与培训活动；建立企业孵化器，把研究成果推向实际应用。
学科布局 上海巴斯德所恪守使命，力争在分子病毒学和抗病毒免疫领域成为国际一流研究机构，为传染性疾病预防与控制作出贡献。研究的战略方向主要集中在基础研究和转化型研究： - 病毒的分子生物学，急性或慢性感染的机制； - 免疫应答机制和病毒感染调节； - 新型疫苗研发。
科研队伍与人才培养 研究所共有人员151人（截止2014年10月）。其中科研人员88名，包括研究员24名、副研究员9名、研究助理/助理研究员26名，研究生130名、博士后14名，另有23名管理人员和26名技术支撑人员。 研究所的研究生教育包括硕士和博士研究生培养，结合中国科学院和巴斯德研究所国际网络的资源优势，努力创造国际化的教育和培训环境，为生物医学界培养高质量的创新型人才。
