拜仁慕尼黑的队徽曾多次变更。拜仁的队徽是全德国乃至全世界最出名的标志，据统计，大约有87%的德国人，89%的法国人，75%的英国人都知道这个标志。拜仁从1921年开始使用队徽，最初，会徽由4个个性化的字母F,C,B,M构成，主色调是蓝色，后来逐渐演变成字母被代表胜利的月桂花环环绕着，随着时间的变迁，代表胜利的桂冠取代了月桂花环。
1954年起，俱乐部采用代表俱乐部颜色的红底白字加兰白方块标志作为队徽，红与白是俱乐部的颜色，蓝白色底象征着巴伐利亚的州旗，而兰白色的小方块则是慕尼黑这座自由城市的象征，本来俱乐部后边的E.V是代表协会的标志，但是从2002年2月起,因为俱乐部被改组为股份公司，所以FC BAYERN MUNCHENEV的最后两个字母EV被取消了。长期以来，拜仁的会徽主色调是蓝色和红色。拜仁当前的会徽是一个写有FC Bayern München的红色圆环包裹着巴伐利亚州州旗。
左上方是拜仁1923-1938年、1945-1954年使用的队徽，款式、颜色搭配与今日完全不在一个频道；右上方则是1954-1961年间使用的队徽，与如今的纽伦堡队徽属一个系列；左下方是拜仁1965-1970年使用的队徽，其中开始加入巴伐利亚区旗要素；1971至今使用现有队徽。 拜仁2011-12赛季主场球衣。阿迪达斯公司与拜仁慕尼黑俱乐部于德国当地时间4月19日在慕尼黑安联球场正式宣布在现有基础上将赞助合同延长至2020年，同时发布了球队2011-12赛季新款主场球衣。红色和金色成为新球衣的主题，以此代表阿迪达斯公司与俱乐部合作将近半个世纪的光辉岁月，也表达了俱乐部希望下个赛季对球队来说成为一个名副其实的“黄金赛季”的美好憧憬。新球衣隐藏有若隐若现的齿条细纹，衣领内侧“Mia san Mia（我就是我）”源自巴伐利亚俚语，而领子后面的“Rekordmeister（记录之王）”和4颗星则代表了球队历史上总共获得的21个德甲冠军，这也意味着德甲联赛历史上有接近一半的赛季都是拜仁笑到了最后。
根据拜仁慕尼黑最初的球队章程，球队的球衣颜色应该是蓝色和白色，但是俱乐部在1905年加入MSC之前，一直身着的是白色的上衣和黑色的短裤。MSC要求，足球运动员应该身着红色短裤进行比赛，所以在后来的大部分时间当中，拜仁的球衣主色调变为了红色和白色，有时也会出现蓝色。1969-70赛季，拜仁主场球衣是蓝白间条衫，并且短裤和袜子的颜色同样是蓝色。1995年，拜仁的球衣也有相似的设计。但从1999年开始，拜仁回归了最初的颜色。长年以来，拜仁的客场球衣没有固定的颜色，曾经使用过的颜色包括了白色、黑色、蓝色以及黄绿色等。此外，拜仁还拥有一套第三球衣。
在20世纪80年代到90年代，每当拜仁客场对阵凯泽斯劳滕时，他们都会使用一款特殊的球衣。这款球衣与巴西国家队球衣相似，而身着这款球衣的理由出于迷信，因为球队很难在凯泽斯劳滕的主场取得胜利。
2013年5月10日，拜仁慕尼黑发布了2013-14赛季队服，这款新球衣采用的是经典的拜仁红色和白色的搭配，拜仁经典的口号“MIA SAN MIA(（我们就是我们）”依然存在。这款球衣最大的不同点，就在于将2011-12、2012-13赛季主场球衣金色的部分换回了白色，袖口也加上了白色镶边，重回传统和经典。这件拜仁球衣，被拜仁官网称作是“100%的拜仁魂”。拜仁下赛季主场战袍另外一个显著的变化就是球衣加上了钻石暗纹，这也是拜仁队徽中间的蓝白方块的图案——巴伐利亚州的象征。拜仁门神诺伊尔在接受采访时表示自己很喜欢这款球衣。“虽然我不能穿这件球衣（注：诺伊尔将在新赛季身披门将服），但我真的很喜欢它。”诺伊尔说道。新拜仁主场战袍不仅采用了经典设计，还运用了领先科技，呼吸材料让拜仁球员可以在球场上更为舒适的奔跑。要知道，赛季的几场强强对话中，拜仁球员的奔跑里程都超过了对手，新球衣想必将帮助球队取得更好的成绩。
2015-2016赛季，拜仁慕尼黑的客场球衣以白色为主色调，胸前配有红、蓝、灰三色条纹。球衣颈部印有 Mia san Mia 的口号，肩部带有阿迪传统的三道条纹，领口配有扣子。
