中华民国十八年（1929年）7月1日，剑阁县知事公署改称剑阁县政府，县知事改称县长。县政府下设公安、财务、教育、建设等局和司法室 。
民国二十四年（1935年）6月，四川省第十四区行政督察专员公署暨保安司令部在剑阁县城成立，与剑阁县政府合署办公。剑阁县政府县长由专员兼保安司令田湘藩兼任。
民国二十七年（1938年）12月1日起，四川省第十四行政督察区行政督察专员不再兼任剑阁县长，第十四区专署与剑阁县政府开始分署办公。
民国二十九年（1940年）3月，剑阁县改组县政府机构，设4室、4科、1处以及若干委员会 。
中华人民共和国成立后，1949年12月18日，中国人民解放军占领剑阁县城，国民党在剑阁县的统治崩溃。同日，剑阁县人民政府在县城成立 。
1950年3月20日，剑阁专区行政督察专员公署在广元县成立，剑阁县划归剑阁专区（1953年1月更名为广元专区）管辖 。
1953年3月4日，广元专区撤销并入绵阳专区，剑阁县划归绵阳专区管辖 。
1955年9月14日至17日，剑阁县第一届人民代表大会第二次会议在县城举行，按《中华人民共和国地方各级人民代表大会和地方各级人民委员会组织法》规定，剑阁县人民政府名称改为剑阁县人民委员会。
1967年3月6日，中国共产党剑阁县人民武装委员会决定成立“四川省剑阁县生产办公室”，以此取代中国共产党剑阁县委员会、剑阁县人民委员会的职权。3月15日改名为“四川省剑阁县生产委员会”；4月20日更名为“剑阁县抓革命促生产委员会”；12月13日又改建为“四川省剑阁县生产指挥部”。
1968年5月11日，中国共产党剑阁县人民武装委员会正式宣布成立剑阁县革命委员会，后于1978年经上级批准追认为剑阁县第七届人民代表大会。 。
1980年7月1日，中共剑阁县委员会、剑阁县革命委员会正式分署办公。
1981年3月13日至19日，剑阁县第九届人民代表大会第一次会议在县城召开，按照《中华人民共和国地方各级人民代表大会和地方各级人民政府组织法》、《中华人民共和国选举法》规定，设立剑阁县人民代表大会常务委员会，重新成立剑阁县人民政府。
1985年2月8日，国务院以“国函字（1985）20号文”批准撤销广元县，设立广元市（地级），剑阁县由原绵阳地区（1968年绵阳专区更名）划归更名广元市管辖至今 。
2000年6月22日，国务院批准剑阁县人民政府驻地由普安镇迁至下寺镇。
2003年9月28日，剑阁县人民政府驻地正式迁址下寺镇 。
2006年6月14日，剑阁县普安、城北、柳沟、武连、开封、元山、公兴、白龙、鹤龄、江口、剑门等11个县委、县政府派出的督导办公室合署机构正式撤销 。
2015年，根据《剑阁县人民政府职能转变和机构改革方案》，剑阁县人民政府机构重组，设政府工作部门24个（县监察局列入政府机构序列，不计算政府机构个数），直属事业单位11个，派出机构3个，部门挂牌机构8个。
