广东省卫生厅内部设有多个职能机构，以确保高效运作和管理。以下是其中的主要部门及其职责：
1. 办公室（交流合作处）：负责日常行政事务，如文电处理、会务组织、机要管理、档案保管等。同时，它还负责信息管理、保密工作、政务公开和处理群众来信来访，以及推动医疗卫生领域的对外交流与合作。
2. 政策法规处：主要负责起草地方性法规和规章，制定相关政策标准，审核文件合法性，处理行政复议和诉讼，以及推动法制宣传教育和执法责任制的落实。
3. 规划财务处：负责卫生事业的中长期规划，协调资源分配，管理大型医疗设备，监管经费、基本建设项目和国有资产，指导基层卫生机构建设，以及财务管理和审计等工作。
4. 食品安全综合协调处：负责食品安全的整体协调，制定地方标准，处理重大食品安全事故，进行监测、风险评估和预警，并负责相关检验机构的资质认定和信息发布。
5. 疾病预防控制处（省爱国卫生运动委员会办公室）：制定重大疾病防治和公共卫生干预措施，防止疾病传播和疫情扩散，处理法定报告传染病疫情，并负责相关委员会的日常工作。
6. 农村卫生管理处：管理农村卫生保健和新型合作医疗，制定政策、规划，并监督其实施，指导农村卫生服务和乡村医生管理工作。
其他部门如妇幼保健与社区卫生处、医政处、公共卫生与监督处等，分别负责妇幼卫生、医疗机构管理、卫生监督、药物政策、卫生应急、科技教育、人事管理和干部保健等工作。