奈曼旗国土资源局的内设机构及其职责分工如下：
1. 办公室：负责协调机关日常事务，包括起草文件、组织会议、文电处理、秘书工作、信息综合、法规宣传、职工教育、档案管理、督查、保密、保卫、人事劳动、计划生育、党务、财务、资产管理及综合统计。
2. 规划测绘耕地保护股：主要负责土地利用总体规划、年度计划的编制和实施，地籍测绘、科技成果推广，耕地特殊保护、农用地管理和土地整治政策执行，指导农用地用途管制及基本农田保护，参与项目用地预审和土地征用工作。
3. 地籍管理股：执行地籍管理规定，进行土地资源调查、动态监测、地籍权属管理，组织确权、登记、发证等工作，管理地籍档案。
4. 土地利用管理股：负责土地使用权出让、租赁、临时用地管理，制定建设用地批办、审核标准，指导苏木镇和嘎查村的用地管理。
5. 地质矿产股：主要负责矿产资源保护、地质勘查规划、环境保护，矿产资源开发管理，采矿权授予和矿产资源补偿费征收，地质灾害防治及科技合作等事务。
6. 执法监察股：对土地资源和矿产资源法律法规的执行情况进行监督，查处违法行为，处理土地权属和采矿权争议，负责信访工作。