对于百日咳疾病的治疗，分为多个阶段和方法：
1. 一般治疗：需保持患者隔离，环境安静、空气清新，温度适宜。避免触发痉咳的因素，饮食应富含营养且易消化，补充维生素和钙。使用镇静剂如异丙嗪或苯巴比妥有助于缓解患者的恐惧和烦躁，保证充足的睡眠。剧烈咳嗽时可选用镇咳药，痰液粘稠时采用雾化吸入。痉咳严重的小婴儿需专人照看，窒息时应及时吸痰或进行人工呼吸和给氧。如有脑水肿，需立即进行脱水治疗，以防止脑疝。
2. 抗菌治疗：早期卡他期应用抗生素如红霉素（每日30-50mg/kg，口服或静脉滴注，疗程7-14天）可以预防痉咳和继发感染。新型大环内酯抗生素如罗红霉素或阿奇霉素也可考虑，根据患者情况选择。氨苄青霉素疗效差，氯霉素虽有效但可能引起粒细胞减少，需谨慎使用。
3. 并发症治疗：如有支气管炎或肺炎，给予抗生素治疗。肺不张则需体位引流、吸痰和肺部理疗，必要时通过支气管镜清理分泌物。脑病时用抗惊厥药物如复方氯丙嗪或苯巴比妥钠，脑水肿则使用甘露醇或地塞米松进行治疗。免疫球蛋白对于脑病患儿也有助于痉咳缓解。
4. 中医治疗：百日咳在中医中称为“顿咳”等。根据不同阶段辨证施治，如初咳期用疏风清热的桑菊饮，痉咳期用清热化痰的麻杏石甘汤，恢复期则益气养阴，补肺健脾，如人参五味子汤。
5. 急救措施：惊厥时使用安定、复方氯丙嗪或苯巴比妥止惊；痉咳和痰液粘稠引起的窒息，需立即吸痰或进行人工辅助呼吸。
百日咳是由百日咳杆菌引起的急性呼吸道传染病。其临床特征为阵发性痉挛性咳嗽伴有深长的“鸡鸣”样吸气性吼声，如未得到及时有效的治疗，病程可迁延数个月左右，故称“百日咳”。本病传染性很强，常引起流行。患儿的年龄越小，病情越重，可因并发肺炎、脑病而死亡，近三十年来，由于菌苗的广泛接种，我国百日咳的流行已大大减少，发病率、病死率亦明显降低。