由于台风珍珠在5月15日进入南中国海，香港天文台、澳门气象台及广东、福建、浙江沿海各市气象台均于当晚发出戒备信号，以提醒公众台风所造成的影响。 台风珍珠于香港时间5月15日进入800公里之警戒范围，香港天文台于晚上9时40分发出一号戒备信号，继而于5月17日早上7时15分改发三号强风信号至晚上9时15分再次转发一号戒备讯号，至5月18日香港时间早上4时40分取消所有台风信号。；香港于5月16日及5月17日的天气多云转阴，并转吹北风和有骤雨（至5月17日下午转吹西北强风）。大老山、横澜岛曾吹起偏北烈风；赤鱲角、大尾笃与长洲风力达到7级，另外维多利亚港内的启德、中环的北风风力亦达到6级的强风程度。多个海滩均悬红旗；同时因天文大潮关系，沙田城门河与鲗鱼涌水位高涨，其中鲗鱼涌水位在早上9时至下午1时曾上涨至海平面之上2.7米并引发轻微水浸。
多家渡轮公司于5月16日晚开始取消部分服务。另多间货柜码头公司于5月17日早上9时至5月18日晨暂停无载货之货柜交收。
陆路交通方面：运输署于凌晨2时禁止电自行车及车身高于1.6米之车辆使用青屿干线上层、汀九桥及禁止使用马湾路进出马湾，受影响车辆须改经屯门公路，引致屯门公路在上班繁忙时段严重挤塞。此外马湾巴士服务亦受到影响而于5月17日早上8时05分开始停驶，居民须改乘渡轮来往。另教育统筹局因三号风球发出，依例于当天早上宣布所有幼稚园、弱能儿童及弱智儿童学校停课一天，翌日恢复正常。 由于珍珠于当地时间5月15日下午进入800公里围，故气象台于晚上7时发出悬挂一号戒备信号，而随着风力增强，于5月16日晚上6时30分改发三号强风信号，至5月17日晚上八点除下所有风球。
跟香港一样，5月16日傍晚后市面风力逐渐增强及大部分时间下雨，但雨势不大。同日与翌日上午，路环市区海傍、内港海傍、22号码头与16号码头附近成泽国，水深至足踝，更有鱼随水冲至路上，幸情况不严重。而附近海面出现白头浪，浪亦偶打上岸边，民政总署同日起暂停开放竹湾泳池至20日下午重新开放。 广东省多个城市预期会受珍珠正面吹袭，海南海口至广州及北海的航运已停航，粤海铁路部分列车停开。广州周边地区，包括深圳、珠海、汕头、惠州、顺德等20个市县。
由于汕头市气象台预测珍珠在5月17日傍晚至夜间，在汕尾至饶平间沿海登陆并正面袭击汕头，珍珠成为57年以来五月正面吹袭汕头的最大台风，气象台在5月16日晚上发出黄色信号，并于5月17日中午12点发出红色信号。至5月18日晨，因台风迅速减弱的关系，汕头市气象台在早上5时40分解除红色台风信号与黑色暴雨信号，而当天早上当地天色并偶有阳光。
汕头市三防指挥部在5月17日早上发出紧急通知，要求在下午三时前撤离危险处，采石及采砂场停止运作；据《汕头都市报》报道，至当天下午5时，共移离危险区域36812人，海上作业船只船员、养殖人员13340人。全市各大中小及成人学校停课，翌日照常上课。5月17日下午4点半，汕头海湾大桥等跨海大桥封桥，而汕头机场取消23个进出港航班（绝大部分为国内航线如广州、上海、北京等），火车往来照常。
珍珠于5月18日凌晨1时20分穿过南澳岛，2时15分在澄海区到饶平县交界地区登陆，登陆后随即减弱。5月17日晚上7时多，随台风珍珠逼近，汕头普遍降下大暴雨并刮起9至10级、阵风12级，雨量方面从5月16日晚上8时起计一整天，汕头观测站录得187.1毫米的降雨量（由5月16日8时至18日8时计得雨量达425.3毫米），潮阳和南澳更录得超过200毫米雨量。 中央气象局于5月16日下午17时30分发布海上台风警报，警戒范围为台湾海峡、巴士海峡及东沙岛海面。17日清晨，针对金门、澎湖发布陆上台风警报。上午8时30分再将台湾北部海面纳入警戒区。下午14时30分，台中以南、台南以北纳入警戒区；17时30分，陆上警戒范围扩大至台南以北地区。
5月18日宣布不上班不上课的有金门县、澎湖县、台南县及台南市。连江县及云林县则照常上班，但高中及以下不上课。5月18日11点30分解除台湾本岛的台风警报；17时30分，随着珍珠减弱并转化成为温带气旋，中央气象局解除所有海上、陆上台风警报。
