对于血癌、骨髓瘤等非实体癌的患者，骨髓移植是治疗的一线希望。不过患者在思考骨髓移植的时候，有可能会面临到「自体移植」跟「异体移植」的问题，除了排斥作用之外，这2者到底还有什么差别，就成了选择的关键。
骨髓移植简单来说，就是将健康的骨髓移植到不健康的人体内，恢复患者的造血功能，而目前的骨髓移植其实是抽「造血干细胞」，可以分成肠骨抽取跟周边（如手臂）抽取。
肠骨抽取因为是全身麻醉、而且是脊椎麻醉，所以会比较疼痛、酸麻感比较重，但抽取到的造血干细胞浓度会比较高；而周边造血干细胞的抽取，因为必须先打白血球生成激素、让干细胞聚集到周边才能抽，所以有可能浓度不够，必须抽好几次。
而自体骨髓移植是先抽取一段患者本身的造血干细胞，然后让患者接受高强度的化学治疗或是放射线治疗，把身上的癌细胞尽可能的清除，再把经过特殊处理的造血干细胞植入体内。虽然这种作法不会有排斥性，也不需要服用抗排斥药，但由于自体骨髓可能有没清理干净的癌细胞，所以复发的机率也比较高，而且超高剂量的化疗、放疗也让并发症跟致死率提高。
异体骨髓移植就是非自身的骨髓移植，也就是大家常在电视剧里面看到的「骨髓配对、骨髓捐赠」。需要寻找抗原相合的骨髓捐赠者，才能配对成功，让移植的骨髓在患者身体内发生作用；不过在移植之前，患者一样需要做一次化疗或放疗，一方面是杀死癌细胞，一方面让身体处在免疫系统虚弱的状态，避免移植时的排斥作用。
但异体骨髓移植使用的化疗、放疗剂量反而不会比自体移植高，原因是因为异体移植有一个「移植物对抗癌细胞」（Graft versus Leukemia）作用，也就是外来的移植物，反而能清除体内残存的癌细胞，所以等到骨髓移植、并移植成功的患者，虽然不能说完全痊愈，大部分人都可以在没有发病的状态下存活几十年的时间。
通常患者的兄弟姐妹最有可能找到相合的骨髓，或是兄弟姐妹的脐带血内的造血干细胞也通常是符合的，不过脐带血就没有异体骨髓有的「对抗癌细胞」作用，但相对的抗排斥反应也会比较少。所以在这样的情况下，异体骨髓移植还是被认为是治疗非实体癌症的最好方式，病友团体也致力于推广造血干细胞的捐赠。
不过接受异体骨髓移植后，因为服用抗排斥药的关系，抵抗力会变得很差，所以日常生活都要小心预防感染，不能吃生食、出门戴口罩、回家要洗手消毒等，会有比较多的不便利。