桐乡市人民防空办公室设有多个科室，各司其职，确保公共安全和应急响应的有效实施。
应急救援科
负责制订突发公共事件人员防护保障方案，参与危化品安全检查，组织应急救援演练。
推进基层人防规范化建设，管理民防志愿者队伍。
法制科
负责人防行政执法，审查执法人员资格，实施行政执法责任制，处理行政争议和违法案件。
进行综合治理和普法工作，对全市人防工程进行定期检查。
综合科
协助领导处理日常事务，负责机关管理及行政工作，包括文秘、人事、财务等。
确保人民防空建设资金筹集和财务管理，组织内部学习和完成领导交办任务。
地下工程科（行政审批科）
制定和审查人民防空工程建设规划，负责防空地下室设计与施工审批，以及易地建设费审核。
监督结建工程的维护和功能转换，开展科研工作。
指挥通信科
组建和训练专业队伍，起草应急行动方案，指导人口疏散工作，负责通信警报系统建设。
组织防空演习和警报试鸣，负责人民防空宣传教育。
人防工程指挥管理所
维护保养人防指挥设施，对自建和结建工程进行专业检查，确保安全保密。
指导镇（街道）民防应急指挥中心设备管理。