天津卫协医院的临床科室涵盖了多个专业领域，致力于为患者提供全面的医疗服务。
妇科以生殖健康为核心，诊疗项目包括阴道炎、宫颈炎、附件炎等妇科常见病，以及卵巢肿瘤、子宫肌瘤等妇科肿瘤。医院还开展计划生育手术、宫腹腔镜检查及治疗，以及微创技术，如腹腔镜、宫腔镜手术，形成妇科特色。
男科提供泌尿生殖感染、前列腺疾病和男性生殖整形的治疗，涵盖男性尿道炎、前列腺炎等疾病。
皮肤科专注于皮肤病的检查和治疗，包括皮肤病和激光美容，设备齐全，经验丰富。
医院的不孕不育诊疗中心采用中西医结合，针对不孕不育进行分型治疗，引进先进设备，如精子质量分析仪和宫腹腔镜，为患者孕育希望。
生殖整形科室引进技术，提供包皮包茎手术、生殖器增粗等手术，以及女性的生殖整形项目。
计划生育诊疗科注重生殖健康，采用无痛人流技术，强调保护子宫和生育功能，提供创新型的治疗和教育服务。
肿瘤科由知名专家坐诊，采用中医“生物消瘤汤”疗法，治疗各种肿瘤疾病，效果显著。
风湿免疫科专治类风湿关节炎、痛风等免疫相关疾病，提供全面的检查和早期治疗方案。
肠胃科是综合内科科室，集中医西医于一体，擅长消化系统疾病的诊治。
失眠科以中医特色治疗失眠症，有效率达到98.8%。特色项目包括失眠、多梦等精神障碍治疗。
耳鼻喉科开展微创手术，治疗耳鼻喉疾病如中耳炎、鼻息肉等。
骨科提供颈椎、腰椎疾病及关节炎等骨科疾病的治疗，采用中医“整复通经”理念。
糖尿病科专注于气阴两虚兼血瘀型糖尿病的治疗，并对并发症有丰富的经验。
口腔科则提供内科、外科和儿科的口腔医疗服务。
天津卫协医院是天津市卫生保健协会、天津市卫生保健中心会诊中心，主要承担全市企事业单位和职工医院的医疗会诊任务，同时也面向社会，服务于广大群众。多年来，医院为医疗、会诊、教学、科研中心，聘任市级医院专家教授进行诊疗、会诊，解决疑难病等医疗活动，获得了社会的良好赞誉和认可。被和平区政府评为先进社区，连续多年荣获民政部及市级授予“‘诚信’、‘自律’先进单位”称号，2006年医院被和平区新兴街授予社区卫生服务“百颗星”奖。