驻马店市教育局根据其职责，内部设有多个专门的职能科室，以确保教育工作的高效运行。其中包括：
办公室: 负责综合协调机关日常事务，包括财务、资产管理、文秘、会务、保密、宣传、信息、档案、保卫、信访、督办查办以及行政复议和对外应诉等工作。同时，它还协调全市教育系统的信访工作，并负责教育行政执法和学校安全教育。
人事科（驻马店市教师资格管理办公室、党委办公室）: 负责机关及直属单位的人事管理、机构编制，包括教育系统的表彰奖励、教师资格认定、教育行政管理人员和校长队伍建设，以及职称改革和党群工作。
计划财务科: 制定教育事业发展规划，管理中小学校布局，负责教育基建项目、经费筹措和拨付，以及教育事业信息统计分析和内部审计。
基础教育一科: 主管义务教育，制定均衡发展政策，规范学校办学行为，推进教学和课程改革，以及农村远程教育的管理工作。
基础教育二科: 负责普通高中、幼儿教育和特殊教育的宏观管理，推进课程改革和安全管理。
职业教育与成人教育科: 统筹管理职业教育和成人教育，指导教学改革，师资培训，以及扫盲工作。
师资培训科: 负责中小学师资队伍建设，指导教师培训，管理继续教育和师德建设。
高等教育科: 参与高等教育管理，负责高校发展规划和科研工作。
民办教育科: 综合协调全市民办教育，制定发展规划，指导教育教学和师资培训，审批民办学校设置等。
离退休人员工作科: 负责机关退休离休人员的管理和服务，指导下属单位的离退休工作。
此外，还设有纪检（监察）机构和机关党组织，按照相关规定独立运行。