大连出入境检验检疫局按照其职能设置了一系列内部管理机构，这些机构包括：
办公室：负责日常行政管理和协调工作。
法制与综合业务处：专注于法律事务和综合业务管理。
卫生检疫处：负责进出口商品的人体健康和公共卫生安全检查。
食品监督与动物检疫处：对食品质量和动植物检疫进行严格监督。
植物检验检疫处：确保植物及其产品符合相关进出口规定。
机电轻纺检验处：针对机电产品和纺织品进行质量检测。
化矿检验鉴定处：负责化学和矿产产品的检验鉴定工作。
科技与认证处：推动科技创新和认证服务的开展。
检务处：负责检验检疫业务的管理和监督。
人事处：负责员工的招聘、培训和人事管理工作。
财务处：负责局内的财务管理和会计核算。
此外，大连局还设有机关党委办公室（政工处），负责党的建设和员工思想政治工作，以及纪检监察室，确保公正廉洁的行政环境。