沧州医学高等专科学校设有多个系部，包括医学系、护理系、医学技术系、口腔医学系、药学系、基础部和成教部。学校专业多样，涵盖护理、助产、临床医学、眼视光技术、药学、医学检验技术、口腔医学、医学影像技术、医学营养和卫生监督等10个专科专业，构建了医学、护理、药学和医学技术等多学科协调发展的办学格局。
护理系起源于1963年的沧州卫生学校护理教研室，历经文革停办与重建，至21世纪已发展成为拥有32名专业教师的现代化系部，护理专业逐渐成为学校的重点专业。医学系成立于2005年，设有多个教研室，承担临床课程的教学和临床实训，注重实践教学。医学技术系包括眼视光技术、医学检验技术、口腔医学等特色专业，师资力量雄厚，实验设备齐全，为学生提供了良好的实践平台。
口腔系成立于2009年，设有口腔医学和口腔工艺技术专业，注重实践技能培养，并与多家医院和企业合作，提供稳定的实习基地。药学系成立于2009年，以市场需求为导向，设有化学、天然药物等教研室，师资队伍专兼结合，实验设施完善，为药学专业学生提供良好的实践环境。
基础部负责公共基础课教学，重视学生能力培养，以就业为指导，推动课程改革。而成教部作为学校的成人教育部门，与多所高校合作，为社会培养了大量的专业技术人才。
总的来说，沧州医学高等专科学校致力于全面发展各类专业，注重实践与理论的结合，为社会输送高质量的医疗卫生技术人才。
沧州医学高等专科学校是河北省沧州市属普通高等医学院校。经过几代人艰苦奋斗、自强不息、求真务实、开拓创新，初步建成了一所规模适度、结构合理、特色鲜明的医学高等专科学校。到2009年已培养28900多名合格的卫生技术人才，为沧州乃至河北省的医疗、卫生、教育事业做出了积极贡献。学校先后获得河北省文明单位、全国绿化模范单位、全国教育科研工作先进单位、省普通高校示范性就业指导中心等90余项荣誉称号，办学成果多次得到省、市和上级有关部门领导的肯定。