钦州市第二中学的历史可以追溯到1986年，当时经自治区教委和民委的批准，学校增设了寄宿制民族高中班，为学生的全面发展提供了支持。
在1988年，钦州二中获得了自治区教委的青睐，被确立为“广西整体改革试点中学”，成为了首批自治区重点中学，享有特殊待遇，为教育改革做出了重要贡献。
1999年11月，学校再次被区教育厅认定为“广西中学计算机校园网络建设试验学校”，紧跟科技潮流，提升教育信息化水平。
2000年8月，市政府的决策让钦州二中有了新的转折，初中招生停止，学校逐渐转型为独立的高级中学，以全新的视角进行办学。
同年11月，钦州二中又被命名为“广西现代教育技术实验学校”，显示出其在教育技术领域的先进地位。
2001年7月，学校迈出了重要一步，被确认为广西首批示范性普通高中立项建设学校，标志着其教育质量的显著提升。
为了进一步提升学校品质，2002年春，钦州市委、市政府做出了重大决策，决定迁址新建，无偿划拨216亩土地，并投入大量资金，经过两年的努力，钦州二中成为广西第一所为创建示范性普通高中而新建的现代化校园，开启了新的发展阶段。
2004年8月，学校迁至扬帆大道的新校区，正式步入现代化教育的新纪元，吹响了向全国示范高中进军的号角，展示了学校的雄心壮志和持续发展的决心。
钦州二中创办于1974年，初设高中部，原址位于市区西郊，在这里，第一代二中人艰苦奋斗，拓荒办学，打下了发展的基础。 时隔七年，钦州二中又开始了第二次创业。根据钦州教育资源布局调整的需要，钦州二中1981年迁入城区新兴街25号，以高完中建制办学，并被确定为钦州市重点中学。1984年首批毕业生大部分考上了大学，其中李江枫、杨清分别成为钦州二中考上清华大学、北京大学的第一人。此后的二十年，二中人一路风雨一路歌，以改革促发展，以创新求进步，由小到大，由弱到强，踏实崛起，由县级一般中学迈入了省级重点行列 。