福建卫生职业技术学院的历史可以追溯至1954年，当时的名称是福建省福州卫生干部学校，其创建初衷是为了解决当时卫生战线面临的问题，包括提升卫生行政领导的文化知识和政策水平，以及培训基层卫生人员的业务能力。学校由省卫生厅的高胡同志负责筹建，选址和基建工作在1953年开始，1954年正式开学，校址位于鼓楼区河东路得贵巷17号，占地百亩。
1955年，学校开始面向全省招收初中毕业生，药剂士和检验士专业成为其主要课程。1958年，福州医士学校撤销，卫生医士专业并入。1959年，随着初中毕业生增加，学校更名为福建卫生学校，并增设了中药剂士专业。期间，学校还举办了一系列短训班和函授班，以适应社会需求。
然而，1966年的“文化大革命”中断了学校的正常教学，直到1972年才在福州助产学校旧址筹备复办。1973年，学校恢复招生，专业包括药剂士、检验士、卫生医士和中药剂士。随着改革开放，学校增设了药学大专班和检验大专班，并与多家医疗机构合作，开展成人教育，培养中级医护人员。
1990年，药学大专班并入福建医科大学，成为专科教学点。2002年，福州卫生学校并入，学校更名为福建医学高等专科学校，并计划迁址重建。2005年，福建省人民政府批准成立福建卫生职业技术学院，新校区位于闽侯县甘蔗镇，规划投资大，设施完善，标志着学校迈向了新的发展阶段。
回顾过去，福建卫生职业技术学院经历起伏，但始终致力于教育事业的发展；展望未来，学院将继续发扬“团结、拼搏、求实、创新”的校风，深化改革，朝着更高层次的教育目标前进。
福建卫生职业技术学院是一所以培养药学、护理、医学和医学相关类高素质技能型医药卫生类专门人才为主的公办全日制普通高等学校，其前身是创建于1954年的福建卫生学校。在长达半个多世纪的办学历程中，先后吸纳福州医士学校、南安中药材学校、福州助产学校、福建育才卫生学校、福州卫生学校的办学资源，历经风雨，执着前行，日益壮大，已发展成为全国卫生高等职业教育体系中的重要一员。