1950年3月，共产党接管国民党财政厅后，为满足当时对大批财政会计管理人才的迫切需求，创立了财政干部训练班，培训了近400名干部。
1951年初，训练班转型为云南省财政干部学校，正式启用校章。同年6月，财政厅决定由主持日常工作的副厅长翟昌宗同志兼任校长。随后，相继成立了云南省商业干部学校、粮食干部学校、供销干部学校和银行干部学校，共计五所小型干校（小干校）。
1958年底，中共云南省委同意财贸系统五所干校合并，成立了云南省财贸干部学校（大干校）。1964年3月，省委决定撤销大干校，恢复商业、合作、财政、银行四个专业干校，分别由相关厅局负责。
在文化大革命期间，干校遭受严重破坏，校舍被占用，教师下放到“五七”干校。直到1973年6月，粮食、商业和财政金融干校得以重新恢复。
1978年6月，省委决定将这三所干校合并为云南省财贸干部学校，成为局一级单位，由省委财贸政治部领导。1979年3月，云南省革委会批准财贸干部学校开设大专班，为创办本科教育打下基础。
1981年8月，国务院教育部批准成立云南财贸学院，成为本科高等学院，由云南省领导。财贸学院的管理工作在11月确定，主要由省教委和省委财贸办公室负责。
云南经济管理干部学院起源于1979年成立的云南省工业干部学校，1983年8月更名为“云南经济管理干部学院”。1998年2月，云南经济管理干部学院与云南财贸学院合并，形成新的云南财贸学院。
1999年2月，新的云南财贸学院正式成立。2006年2月，教育部批准云南财贸学院更名为云南财经大学。
云南财经大学高等职业技术学院成立于1997年，直属于云南财经大学，是学校（相对独立）的二级办学单位，负责开展学校的高等职业教育。学院于1997年率先在云南试点招收高职生，1998年正式招生，2000年通过云南省办学资质评估。办学八年来，已先后向社会输送了3000余名合格毕业生，受到用人单位的普遍欢迎。学院地处昆明市西郊黄土坡昆瑞路202号，占地90余亩，校舍建筑面积45000余平方米。目前高职院以本省生源为主，并面向四川、重庆、湖南、湖北、江西、海南等省对等招生，在校生规模达到1500余人