秦皇岛市特殊教育学校的历史可以追溯到1959年，当时由山海关区文教科管理，学校在山海关干部文化补习学校的教室中成立，最初仅招收了14名山海关聋童和1名教师，实行小学学制。
1963年8月，学校并入山海关区兴华小学，成为聋哑班的一部分。随着城市的发展，1975年9月，学校开始接纳秦皇岛市海港区的聋童，部分学生选择寄宿学习。
1982年，学校扩大招生范围，开始招收抚宁县的聋童。1984年，得益于省市区的投资，学校独立建校，正式命名为“山海关聋哑学校”，并面向全市招生，规模进一步扩大。
1994年，学校增加了培智学生的招生，教育类型更加多元。1996年，学校归属关系调整，划归秦皇岛市教委（教育局）管理，教育管理更加规范。
1998年，学校接纳了盲童，校名随之改为“秦皇岛市特殊教育学校”，教育对象进一步丰富。1999年，学校增设了初中部，教育层次得到提升。
2003年，市政府投入巨资，学校迁址新建，迁入现代化的新址，并成立了高中部。2004年，学校进一步发展，成立了“秦皇岛市特殊教育综合高中”。2005年，学校设有盲、聋、培三个专业部，提供从学前到高中的完整教育体系，当时在校生人数为263人，教职工队伍壮大到80名，为特殊教育事业做出了显著贡献。