对于创新型产业集群的理解，我国仍存在一定的混淆和不足。许多人将产业集群仅视为产业集中或高新技术产业的集合，误解其内涵。一些地方在发展过程中存在误区，如将主导产业等同于产业集群，过分追求地理集中和产业链完整，忽视了中小企业的重要性，以及软环境的建设。
制度环境对产业集群的发展至关重要，但我国创新型产业集群的制度环境尚不健全。法规体系不完善，缺乏针对性的政策支持，政府角色定位存在问题，公共服务不足；行业协会和非政府组织发展滞后，知识产权保护和产权信用环境有待改善；金融、教育和中介服务资源也相对匮乏；行政区划的限制妨碍了生产要素的流动和聚集。
在产业发展层次和附加值上，许多创新型产业集群面临挑战。由于依赖低成本竞争，产品技术和知识含量偏低，高附加值产业和产品不足，产业结构有待优化；自主创新能力弱，集群规模大但实力不强，如珠三角地区自主研发企业的比例较低，劳动力技能普遍不高，创新意识和人才流动性不足。
最后，一些集群的分工协作水平不高。市场制度不完善和信用环境差导致企业间的外包意识不足，产业链不完整，内部竞争激烈，难以形成专业化分工协作。虽然深圳等地的产业集群规模大，但内部合作和协同创新仍有待加强，高校和研究机构的创新潜能未能充分利用。
创新型产业集群可以理解为：以创新型企业和人才为主体，以知识或技术密集型产业和品牌产品为主要内容，以创新组织网络和商业模式等为依托，以有利于创新的制度和文化为环境的产业集群。与模仿型产业集群相比，其创新程度较高；与劳动密集型产业集群相比，它属于知识或技术密集型产业集群；与传统产业集群相比，它属于现代产业集群。