镇江市住房公积金管理中心设有多个内设机构，每个部门职责明确，确保公积金管理的高效运行。
1. 综合处（与审计监督处合并）
负责中心的行政事务，包括文秘、调研和内外部关系协调。组织重要会议，起草报告和文件，负责信息、宣传和新闻发布。管理文电、机要、档案、保密、信访、后勤、资产，督办决议执行，处理人大、政协提案，推进内部制度建设与考核，实施行政督察，定期审计中心内部执法情况，以及党风廉政建设和精神文明建设工作。
2. 归集管理处
主要负责公积金的归集计划，监督缴存情况，查处违规行为。处理提取审批，发放公积金凭证，调整基数和缓交审批，办理开户登记，指导金融机构相关业务，对分中心（管理部）业务进行指导。
3. 贷款管理处（与资产保全处合并）
负责公积金使用计划，制定贷款办法并实施，审批、发放和回收购房贷款。参与风险防范，确保贷款资产安全，处理行政诉讼，管理贷款档案，协助归集工作，指导金融机构相关业务，管理分中心业务。
4. 计划财务处
负责资金计划和业务经费预算，公积金和住房基金财务管理，净收益分配和廉租房资金管理，机关财务核算，国债购买，报表汇总分析，年度结息，指导和监督金融机构相关工作，管理分中心业务。
5. 信息技术处
负责计算机硬件、软件、网络的管理和维护，办公自动化系统的建立，网站管理，数据备份，培训技术人员，指导金融机构相关工作，处理与银行票据交接和数据录入，管理分中心业务。
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