自家酿制的天然蜂蜜是没有保质期的。蜂蜜由于浓度极高，渗透压大，进入其中的细胞会严重脱水死亡，所以蜂蜜不会变质，无需添加防腐剂。蜂蜜储存时应放在阴凉、干燥、清洁、通风处，温度保持在5～10℃。空气湿度不超过75%的环境中。装蜂蜜的容器要盖严，防止漏气，减少蜂蜜与空气接触。
1913年美国考古学家在埃及金字塔古墓中发现了一坛蜂蜜，经鉴定这坛蜂蜜已历时3300多年，但一点也没有变质，至今还能食用。可见，真正成熟的蜂蜜久置后完全能食用，没有什么严格保质期，但作为食品上市蜂蜜的保质期，根据《食品法》都要在食物上标明保质期，因此，蜂蜜生产厂家一般把蜂蜜保质期定2年或者18个月。
天然的含有活性酶的蜂蜜不能加热至60摄氏度以上，否则活性酶会在高温下变性失活，破坏其中的营养成分。蜂蜜在温开水或凉水冲泡时口感甜，用较高温度冲泡口感会变酸。
没有加工的蜂蜜在摇动时容易出现沫的原因有以下几点：
（1）天然成熟的蜂蜜中蛋白质有4～7种，通常以胶体物质存在，它是蜂蜜中介于分子和悬浮颗粒之间不能用过滤方法除去的质粒，这种胶体物质在浅色的洋槐花蜂蜜中的含量为0.2%，在深色蜂蜜中为1%左右（枣花蜂蜜、百花蜂蜜、葵花蜂蜜），它对蜂蜜的色泽和浑浊度有一定的影响，胶体物质并能促成蜂蜜起泡泡，从而影响蜂蜜外观度。
（2）未经过处理的高度蜂蜜有很强的抗菌能力，蜂蜜抗菌作用的原因，普遍认为除了蜂蜜是糖的高浓度溶液和低pH值，能抑制微生物的生长发育外，更重要的是蜂蜜中葡萄糖在葡萄糖氧化酶的作用下产生的抗菌物质----过氧化氢的结果！过氧化氢在高温下易分解出氧气！从而使蜂蜜的表面有一层白泡泡！
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