武汉大学学生会成立于1947年12月5日，其历史可追溯到20世纪初武汉大学进步青年自发组织的进步社团和组织，而其直接前身是1945（乐山时期）年开始的武汉大学学生自治会。
1946年，武汉大学由乐山回到武昌珞珈山。武大学生以宿舍为单元，推选代表，组成的第二届学生自治会。1947年，地下党支部提出的“建立民主、健全、进步的学生自治会”的倡议得到全校学生的普遍支持。12月5日，地下党支部组织的以崔明三为首的福利竞选团经过民主投票竞选成功，并组成17人的自治理事会。此次是武汉大学有史以来第一次学生民主普选。第三届学生自治会成为中国共产党领导下的学生组织，这标志着武汉大学学生会正式成立。学生自治会积极投身到全国学生运动中，为“九龙事件”组织罢课，发表《为“九龙事件”告全国同胞书》，并多次举办大型革命纪念活动。
1949年6月，中国人民解放军武汉军管会接管武汉大学。26日，武汉学联主持的武汉学生第一届代表大会在武汉大学开幕。大会通过当前任务决议：“当前学生的学习任务在于忠诚学习马列学说及毛泽东思想，树立为人民大众服务的正确观点……”要“建立一种适合新民主主义文化政策的新制度来。”之后的几届武汉大学学生会始终按照本次大会的决议开展工作。
1950年5月，武汉大学学生会为庆祝海南岛解放、“五四”青年节暨中国新民主主义青年团成立周年纪念，于5月4日上午举行庆祝大会。大会报告中指出“五四”的伟大意义在于青年们追求真理，不屈不挠的奋斗精神。
文化大革命开始后，学生会被迫停止了一些日常工作。1972年，武汉大学召开了第十七次学生代表大会。直到1976年，特别是党的十一届三中全会以后，学生会的工作走上了健康发展的轨道，开始各部门重建工作。
1979年4月7日，武汉大学第十八次学生代表大会召开，出席大会的代表195人。大会高举毛泽东思想伟大旗帜，学习贯彻党的十一届三中全会精神和共青团第十次全国代表大会的精神，听取和讨论“两代会”工作报告，讨论并通过学生守则。
1981年5月，武汉大学第十九次学生代表大会召开，大会指出：继续坚持“以三好为目标，以学习为中心”的工作方针，坚持党的领导，一切从实际出发，民主办会，真正发挥党联系青年学生的桥梁、纽带作用。努力树立为公、求实、勤奋、谦虚、团结的工作作风。大会选举产生第十九届学生委员会委员47人，其中由4人组成主席团。本届学生会下设宣传部、学习部、生活部、体育部、文化部。
1983年2月，武汉大学第十九次学生代表大会召开全体委员扩大会议，对学生会机构进行了机构改革。学生会执行机构增加秘书处、业余科协、女生部、文工团，扩大为九个部门，委员人数扩大为55人，主席团成员3人，初步建构了以武汉大学学生代表大会为中心的全校学生会体系。
1984年6月，武汉大学第二十次学生代表大会召开，出席大会的代表244人。大会向全校同学发出“刻苦学习，勇于创新，争做社会主义现代化建设合格人才”的倡议。
1987年5月，武汉大学第二十一次学生代表大会召开。出席大会的代表260人。大会主题定为：坚持正确的政治方向，统一思想，加强学生会民主化建设措施，为广大同学自我教育、自我管理、自我服务进一步创造条件。大会选举常代会代表24名，通过《学生会章程》修改稿。11月，首届“武汉大学珞珈金秋艺术节”正式开幕。
1990年6月，武汉大学第二十二次学生代表大会召开，除当然代表外，出席大会的学生代表有170人。大会提出要加强学生会自身改革、自身建设措施，讨论下一阶段学生会工作，为使广大同学在德智体各方面发展，成为社会主义事业的建设者好接班人进一步创造条件。
1992年5月，武汉大学第二十三次学生代表大会召开，大会提出“改革、团结、学习、实践”的口号，探索新时期学生会工作。大会选举产生新一届学生会机构。学生会设执行委员会（简称执委会）和常任代表委员会（简称常代会），执委会全权代表校学生会，执委会主席同时为校学生会主席。学生会设1名主席和4名副主席，下设秘书处、文化部、学刊编委会、科协、体协等11个部门。
1995年4月，武汉大学第二十四次学生代表大会召开，除当然代表外，出席大会的代表167人。大会通过了工作报告，讨论制定今后两年的工作方针，探讨两会工作如何在新形势下有所突破、有所发展，使学生会在学校的建设中发挥更大的作用，代表提出大量有关学校建设的提案受到学校的高度评价和重视。
1996年4月，武汉大学第二十五次学生代表大会召开，除当然代表外，出席大会的代表182人。大会全面总结过去两年的工作，提出“爱我珞珈，兴我武大”的口号，号召广大同学积极投身于建设武大、振兴武大的宏伟事业，主动地开展各项工作。
1998年6月，武汉大学第二十六次学生代表大会召开。新一届学生会首次提出“务实、高效、拓新”的工作宗旨，“切实地为同学们排忧解难”的根本职责，将学生会公用电话“2338”作为热线，主张“说实话、办实事、求实效”，切实把工作成败的标准放到为同学服务上来，以此作为学生会力量的源泉、奋进的动力。
2000年4月，武汉大学第二十七次学生代表大会召开，原武汉水利水电大学、原武汉测绘科技大学、原湖北医科大学分别于前一年召开了各自学校的学生代表大会。2000年8月，这四所大学合并组建成为新的武汉大学，武汉大学学生会也迎来了新的机遇与挑战。
2001年4月，新武汉大学举行了第二十八次学生代表大会，学生代表379人，选举代表331人，民主选举产生了武汉大学第二十八届学生会主席团，其中主席1人，副主席7人。学生会下设部门增至19个。第二十八届学生会以“团结、高效、务实、创新”为口号。
2003年6月，武汉大学第二十九次学生代表大会胜利召开，大会与会代表382人。本次大会的主题是：学习实践“三个代表”重要思想，与时俱进，开拓创新，团结和带领全校同学成长为全面建设小康社会的高层次人才。大会选举新一届主席团7人，讨论并通过了《武汉大学学生会章程（修正案）》。
2005年5月，武汉大学第三十次学生代表大会胜利召开，大会与会代表333人。大会总结过去两年工作，选举第三十届主席团7人，并向全校发出：“高举旗帜，胸怀祖国，勤奋学习，用于创新，倡导新风，厚德端行，弘扬传统，振奋精神，投身实践，争做先锋，肩负起跨世纪历史使命”的倡议。
2007年6月，武汉大学第三十一次学生代表大会胜利召开，大会与会代表331人。大会总结过去两年工作，选举第三十一届主席团7人。学生会下新设人力资源部，将生活部与保卫部合并为权益部。审议并通过《关于〈武汉大学学生会章程〉修改的决议草案》。
