市公安局设13个内设机构，8个直属支队，5个基层单位，5个分局。 （一）警务督察队
指导、协调全市公安机关的警务督查工作，负责对本级公安机关所属单位和下级公安机关及其人民警察依法履行职责、行使职权和遵守纪律情况的监督，受理群众对公安机关及民警的控告、申诉。
（二）办公室（下设4个科：综合研究科、秘书科、信访科、统计督查科）
负责掌握公安工作情况，协助局领导组织实施全局业务工作，承担公安调研、统计、机要、档案管理工作；负责公安重要会议会务；管理、督促查处群众来信来访和控告申诉。
（三）政治部（下设5个科：队伍管理科、人事科、宣传科、教育训练科（与市人民警察培训学校合署）、老干部工作科）
为市公安局党委主管公安政治工作的办事机构和负责指导全市公安队伍建设的行政职能部门。
（四）装备财务科
负责全市公安业务费和专项经费的预、决算和计划、申报、分配及经费的会计核算和财务管理；负责全市公安机关装备建设和规划及检查指导；负责全市公安机关人民警察服装计划、调拨、发放工作；负责财务、基建、房产、办公设备、装备管理工作及干警医疗保健生活等行政服务、后勤保障工作等。
（五）指挥中心
管理全市公安110报警指挥系统，接受群众24小时报警求助，指挥调度全市“110”接处警，协调处理紧急警务。
（六）监所管理科
指导全市指导、检查、监督全市的监所管理工作。
（七）出入境管理科（下设湄洲岛口岸签证处）
办理全市公民因私出境（国）审批发照，负责对辖区的外国人及华侨、港澳台同胞的管理工作，
（八）户政管理科
负责指导全市公安机关户口登记、迁移审批和流动（暂住）人口等各类人口管理；负责指导全市居民身份证、临时身份证的发放、管理和检验工作等。
（九）信息通信科（与科技科合署）
负责全市公安系统信息通信网络建设和科技建设项目，协调社会公共安全产品技术监督及安全技术防范工作。
（十）公共信息网络安全监察科
承担全市公共信息网络和国际互联网的安全保护工作，承办和指导信息网络违法犯罪案件的查处工作。
（十一）对外联络办公室（略）
（十二）法制科
负责规划、指导全市公安法制工作，实施内部执法监督，承办本局行政复议、行政诉讼案件。
（十三）警卫科
负责组织实施本市的重大安全警卫工作。
根据有关规定设置纪委(与派驻的监察室合署办公)，按照《党章》和《行政监察法》履行职责;机关党委，负责局机关的党群工作、理论学习和思想政治工作。 （一）刑事侦查支队（下设综合科、6个大队）
承担全市刑事侦查工作的组织、规划、指导、协调、服务和部分实战职能。掌握、分析全市的刑事犯罪情况，收集、通报、交流全市刑事犯罪信息，研究预防、打击对策；组织指导和监督全市公安机关侦查破案、打击刑事犯罪工作；承担各类微量物证的检验鉴定和疑难案件痕迹物证和复核鉴定，为全市刑侦部门侦破疑难案件提供技术、情报和信息支援；指导全市刑事技术点建设，负责刑事专业技术人员的培训，组织刑事技术的推广应用。
（二）行动技术支队（略）
（三）巡逻特警支队（下设综合科、2个大队）
负责指导全市公安巡特警队伍业务建设，指导、组织和参与指挥突发性治安事件处置和重大治安案件的查处工作，负责经常性的治安巡逻等工作。
（四）经济犯罪侦查支队（下设综合科、4个大队）
指导或直接侦办破坏社会主义市场经济秩序和部分侵财性等犯罪案件。
（五）国内安全保卫支队（下设综合科、5个大队）
维护社会政治稳定和国家安全、维护国家统一和民族团结、维护宪法确立的基本政治原则。
（六）治安支队（下设综合科、5个大队）
指导和实施治安行政管理、特种行业管理等工作；受理和查处各类违反《治安管理处罚法》等法律、法规的治安案件以及由治安部门管辖的有关刑事案件。
（七）禁毒支队（下设综合科、3个大队）
掌握全市毒品违法犯罪活动动态，研究拟定预防、打击对策；侦破毒品犯罪案件，缉拿贩毒、吸毒、制毒及种植毒品植株嫌疑人员。
（八）交通警察支队
指导、监督、实施道路交通安全管理，分析研究道路交通形势，开展交通安全宣传教育，负责对驾驶牌证的管理工作。 （一）莆田市第一看守所、莆田市第二看守所
承担市、区两级公安、检察、法院等政法机关承办的犯罪嫌疑人、被告人的羁押、管教任务及部分轻刑、拘役犯人的管教改造任务。
（二）莆田市拘留所
负责对被裁决治安拘留的人员进行教育和管理。
（三）莆田市公安局收容教育所
负责收押管教全市被收容教育的卖淫、嫖娼人员。
（四）莆田市强制戒毒所
依法通过行政强制措施，对吸食、注射毒品成瘾人员在一定时期内，进行生理脱毒、心理矫治、适度劳动、身体康复和法律、道德等教育。 市公安局派出机构为荔城分局、城厢分局、涵江分局、秀屿分局和北岸分局 等5个分局。
