兴山县财政局根据其职责设有多个内设机构，包括：
办公室: 负责机关日常运行、政务协调、文稿起草、信息管理、保密安全、信访等工作，承担财税政策研究和督办任务，负责财务、采购、资产管理及人事工作，组织教育培训，负责党群工作，并处理人大议案和政协提案，负责财政与编制政务公开。
预算股: 提出财政政策建议，编制预决算，管理各类预算，负责非税收支纳入预算，管理预算指标和项目库，处理转移支付，提出政府债务管理政策，汇总财政预算，并制定税务经费政策。
国库股: 监督执行预算会计制度，管理财政专户和预算单位账户，负责预算执行分析，现金管理和资金拨付，办理收入退库。
...（其他股室内容省略，下同）
行政事业单位资产管理股: 监督行政事业单位资产管理政策，指导资产产权管理，负责资产配置、使用和收益征管，执行绩效评价政策。
政府采购管理股: 监督执行政府采购政策，指导和监督全县采购活动，负责采购目录编制、审核、进口产品采购管理和投诉处理。
此外，县农村综合改革领导小组办公室负责农村改革规划、推动工作，设综合组和农村义务教育改革组，分别负责日常事务和教育改革指导。