福建省水利厅的机构设置主要包括多个部门，每个部门承担着特定的职责:
办公室（政策研究室）：负责厅领导的日常政务组织，协调各部门工作，包括文秘、档案管理、政务信息、保密、会议组织、宣传、信访等，同时制定内部规章制度，负责行政后勤事务。研究全省水利改革、发展、稳定的重大问题，并提供政策建议。
水政水资源处（省节约用水办公室）：主要负责水利法制建设规划，执行水法律、法规，监督实施，处理水事纠纷，管理水资源、取水许可和水资源费征收，编制节约用水政策和规划，监督水资源保护和管理。
水利管理处：负责全省水利设施和水域管理，指导防洪和水利枢纽安全管理，组织大型工程改造，管理河道采砂和水库安全，指导供水管理。
农村电气化处：指导水电管理工作，协调农村水电电气化，监管水电站大坝安全，参与水电站选址和库容规划。
人事教育处：负责机关和直属单位的人事、教育管理，包括机构设置、人员编制、专业技术职务、劳动工资等，以及公务员制度的实施和教育指导。
驻厅纪检组、监察室：负责监督驻在部门的党组织和党员，处理违纪案件，协助党风廉政建设和反腐败工作。
省人民政府防汛抗旱指挥部办公室：组织全省防汛抗旱工作，调控和调度水资源。
... (其他处室职责省略)