海西州人力资源和社会保障局内设机构设有多个部门，各司其职，确保人力资源和社会保障工作的高效运行。以下是各部门的主要职责：
1. 办公室：负责机关的政务管理、督查、文件处理、会议组织、机要事务、档案管理、财务工作以及政务公开、资产管理、安全保密和政务信息工作。同时，它还负责机关党的思想政治建设和党风廉政建设，以及重要文件的起草、审核和规范性文件的合法性审核，以及依法行政和行政效能管理。
2. 公务员管理科：执行公务员管理政策法规，监督实施公务员法，负责全州公务员的考录、交流、考核等工作，包括年度考核、培训、职位分类、任免等，并负责州级机关的人事档案管理。
3. 事业单位人事管理科（专业技术人员管理科）：制定事业单位人员和工勤人员管理规定，负责人才流动政策，指导岗位设置和人员聘用，办理招聘、考核奖惩、流动审核等工作，参与职称制度改革和专业技术人员资格认证等。
4. 社会保障科：指导社会保障政策实施，拟订养老、医疗等政策，负责医疗保险定点机构管理、工伤认定和企业职工工龄计算，以及退休审批和企业年金备案等工作。
5. 就业促进科：规划人力资源市场，监督就业服务，制定就业、培训和劳务开发政策，指导毕业生就业援助，参与企业职工分流安置，管理培训机构和职业技能鉴定机构。
6. 工资福利管理科：负责全州工资分配、福利和退休政策，管理州级机关事业单位工资总额，规范收入分配秩序，并负责机关事业单位退休人员的管理工作。
7. 调解仲裁管理科：推动劳动人事争议调解仲裁，处理重大争议，指导仲裁员培训，协调各方关系，负责州劳动、人事争议调解仲裁委员会的日常工作。
8. 劳动监察科：执行劳动监察法规，查处重大案件，维护劳动者权益，处理突发事件，负责社会治安综合治理。
9. 军官转业安置科：执行军队转业干部安置政策，负责安置、培训和管理工作，包括自主择业军转干部的管理服务和部分企业军队转业干部解困政策。
10. 规划统计和基金监督科：制定人力资源和社会保障事业发展规划，负责专项资金预决算审核，监督社会保障基金和就业资金的管理和使用，进行政策研究和综合调研。
根据海西州政府办公室《关于印发海西州人力资源和社会保障局主要职责内设机构和人员编制规定的通知》（西政办2010147号），州人力资源和社会保障局设置10个内设机构：办公室、公务员管理科、社会保障科、就业促进科、事业单位人事管理科、工资福利管理科、调解仲裁管理科、劳动监察科、规划统计和基金监督科、军官转业安置科。