在解放战争胜利的欢呼中，天津和上海等地的军事管制机构接收并改由中央人民政府交通部管辖了塘沽新港工程局、海河工程局和上海溪浦局，组建了“航道工程局”。1950年至1952年的经济恢复时期，水运建设强化了社会主义国营经济的主导地位，1951年成立了航务工程总局勘察设计大队，初步形成了水运工程勘察设计团队。
1953年，交通部航务工程总局改名为航务工程局，下设筑港、设计、疏浚和打捞等公司，全国水运工程系统初具规模。同年，筑港工程公司和设计公司成为事业单位。1956年9月，交通部水运设计院成立，下设规划、港工、船舶等分院和勘察总队，全国勘察设计人员已达1500人，港工和规划分院以及勘察总队合计1069人。
在“一五”建设期间，水运工程队伍扩大，技术力量得到提升。1958年，交通部根据“精简机构，下放人员”的指示，撤销了水运设计院，部分人员被下放到地方。随后，湖北省交通厅航务工程局接收了部分设计和勘察人员，成立了设计室和勘察队，即二航院的前身。1959年，该处划归长江航运管理局，并逐步扩大规模和能力。
1962年，长江航运管理局撤销航务工程局，勘察设计处并入科研院。同年，交通部决定成立“交通部长江航务工程处”，并恢复航务工程局机构。随着机构调整，勘察设计处改名为“交通部第二航务工程局勘察设计处”。1964年，为适应生产发展，该处改为“交通部第二水运工程设计院”，人员增加至372人，包括从各大专院校和部队调入的专业人才。
中交第二航务工程勘察设计院有限公司（原中交第二航务工程勘察设计院、交通部第二航务工程勘察设计院），简称二航院，不管全称如何让变化，其简称50余年来 一直不变。（地址:武汉市武昌区民主路555号。