克孜勒苏柯尔克孜自治州的历史源远流长，其名称源于对红水的寓意。秦汉时期，这片土地上活跃着疏勒国、桢中国、尉头国和捐毒国等政权。汉宣帝神爵二年（公元前60年），随着匈奴日逐王先贤掸归附汉朝，州境正式并入汉朝版图，成为中央管辖的一部分。北朝时期，西域的西戎校尉府设有管理机构，包括疏勒、龟兹和乌孙等地区。
隋朝时期，克孜勒苏柯尔克孜自治州隶属于西突厥王庭。唐朝时期，境内的地方行政机构如疏勒都督府、蔚头州、温肃州和演渡州等，分别由葛逻禄、样磨、处月等部落掌控。北宋和辽朝时期，大部分地区归属黑汗王朝，东北和南部地区则分别归属西州回鹘和阗国。西辽崛起后，蒙古帝国接管，直至元朝设立中书行省和都护府进行管理。明代初年，自治州隶属于别失八里，后改名为亦力把里，成为朵豁剌惕家族的领地。
清朝时期，克孜勒苏柯尔克孜自治州曾受准噶尔蒙古部统治，后归于清政府管辖，先后置于参赞大臣和伊犁将军的管辖之下。1913年至1944年间，又建立了乌恰、阿图什和阿合奇等县。1949年，随着新疆和平解放，自治州的行政建置统一，克孜勒苏柯尔克孜自治州正式成立，柯尔克孜族成为自治民族。2000年人口普查数据显示，自治州共有439,688人，其中柯尔克孜族、维吾尔族、汉族和其他民族占比各异。
截至2001年底，自治州辖有阿图什市、阿克陶、乌恰和阿合奇四县，包括5个镇、2个街道办事处和37个乡，人口总数为44.49万人，民族构成丰富，以柯尔克孜族和维吾尔族为主，汉族和其他民族占比较小。
克孜勒苏柯尔克孜自治州（维吾尔文：قىزىلسۇ قىرغىز ئاپتونوم ئوبلاستى / Qizilsu Qirghiz Aptonom Oblasti；柯尔克孜语：كىزىلسۋ كىزگىز اۆتونومييالى وبلاستى / Кыргыз Кызылсуу aвтономиялуу oбласты）是中国新疆维吾尔自治区下辖的一个自治州，位于自治区的西部。