克孜勒苏柯尔克孜自治州的历史源远流长,其名称源于对红水的寓意。秦汉时期,这片土地上活跃着疏勒国、桢中国、尉头国和捐毒国等政权。汉宣帝神爵二年(公元前60年),随着匈奴日逐王先贤掸归附汉朝,州境正式并入汉朝版图,成为中央管辖的一部分。北朝时期,西域的西戎校尉府设有管理机构,包括疏勒、龟兹和乌孙等地区。
隋朝时期,克孜勒苏柯尔克孜自治州隶属于西突厥王庭。唐朝时期,境内的地方行政机构如疏勒都督府、蔚头州、温肃州和演渡州等,分别由葛逻禄、样磨、处月等部落掌控。北宋和辽朝时期,大部分地区归属黑汗王朝,东北和南部地区则分别归属西州回鹘和阗国。西辽崛起后,蒙古帝国接管,直至元朝设立中书行省和都护府进行管理。明代初年,自治州隶属于别失八里,后改名为亦力把里,成为朵豁剌惕家族的领地。
清朝时期,克孜勒苏柯尔克孜自治州曾受准噶尔蒙古部统治,后归于清政府管辖,先后置于参赞大臣和伊犁将军的管辖之下。1913年至1944年间,又建立了乌恰、阿图什和阿合奇等县。1949年,随着新疆和平解放,自治州的行政建置统一,克孜勒苏柯尔克孜自治州正式成立,柯尔克孜族成为自治民族。2000年人口普查数据显示,自治州共有439,688人,其中柯尔克孜族、维吾尔族、汉族和其他民族占比各异。
截至2001年底,自治州辖有阿图什市、阿克陶、乌恰和阿合奇四县,包括5个镇、2个街道办事处和37个乡,人口总数为44.49万人,民族构成丰富,以柯尔克孜族和维吾尔族为主,汉族和其他民族占比较小。
克孜勒苏柯尔克孜自治州(维吾尔文:قىزىلسۇ قىرغىز ئاپتونوم ئوبلاستى / Qizilsu Qirghiz Aptonom Oblasti;柯尔克孜语:كىزىلسۋ كىزگىز اۆتونومييالى وبلاستى / Кыргыз Кызылсуу aвтономиялуу oбласты)是中国新疆维吾尔自治区下辖的一个自治州,位于自治区的西部。