南京农业大学金融学院的发展历史可上溯至20世纪初期。1921年秋，金陵大学设立我国第一个农业经济学系，卜凯教授开始从事农业保险方面的调查研究。1929年秋，中央大学农学院设立农政科，开设农村金融等课程。1952年，金陵大学农学院、南京大学农学院和浙江大学农学院部分系科合并成立南京农学院，下设农业经济系等。1984年，南京农学院更名为南京农业大学，农业经济系增设农村金融专业，同年开始招收农村金融和会计审计方向硕士研究生，1985年开始招收金融专业本科生，1998年取得金融学硕士学位授予权，2002年开始招收农村金融专业博士生，2004年取得会计学硕士学位授予权，2010年获金融学博士学位授权点。2012年10月，成立南京农业大学金融学院。
金融学院现有金融学、会计学和投资学三个本科专业。现有专职教师及研究人员40多名，其中教授12人，副教授13人，博导10人，硕导26人，具有博士学位教师占90.9%，拥有海外学习经历教师占32.2%，江苏省“青蓝工程”中青年学术带头人1人，江苏省“333工程”培养对象1人，江苏省“青蓝工程”优秀青年骨干教师1人，江苏省“社科优青”1人，南京农业大学“钟山学者”首席教授1人、学术骨干2人、学术新秀3人。学院目前共有重点共建基地14家，包括中国农业银行江苏省分行、江苏银行、紫金信托公司、紫金农商银行、苏宁集团、毕马威会计师事务所等。