杭州电子科技大学的机构设置涵盖了多个部门和教学单位，以确保学校的高效运营和学术发展。首先，学校的党政部门包括党政办公室、组织部、宣传部（统战部）、工会、学工部（学生处）和团委，负责学校的日常管理和学生事务。
在行政部门，教务处负责教学计划和课程管理，科技处关注科研项目的推进，人事处和计划财务处（资产管理办公室）负责人力资源和财务运作。研究生部（研究生工作部）和基建处则处理研究生教育和校园建设相关事宜。此外，公共事务管理处、保卫处（武装部）、实验室与设备管理处、外事处（港澳台办公室）以及下沙校区图书馆和离退休工作处，分别承担着公共事务、安全保卫、设施维护、国际交流以及图书馆服务与老干部工作。
在教学单位方面，学校设有机械工程学院、会计学院、经济学院、问鼎学院等，涵盖了工、商、理、文等多个学科领域。管理学院、电子信息学院、计算机学院、自动化学院、理学院、通信工程学院、外国语学院、人文与法学院、数字媒体与艺术设计学院、成人教育学院和软件工程学院、信息工程学院等，为学生提供了丰富多样的专业选择。体育与艺术教学部位于东岳校区怡然亭，而马克思主义学院、生命信息与仪器工程学院和材料与环境工程学院则专注于专业理论研究和实践。
学校还有直属事业单位，如图书馆、网络信息技术中心、高等教育研究所（教学评估督导办公室）、档案馆，以及文一校区管委会综合办公室和校友总会。此外，后勤服务总公司和校医院则为师生提供后勤保障和医疗服务。
杭州电子科技大学，简称杭电，坐落于浙江省杭州市，是一所电子信息特色突出，经济管理学科优势明显，工、理、经、管、文、法、教等多学科相互渗透的高等学校，是中央与地方共建高等学校，也是省部共建高校。现有下沙、文一、东岳和下沙东等四个校区，占地面积 2000 余亩，现有普通全日制在校生 24000 余人，教职工 2200 余人。