行政办公室（信访办）
负责机关政务工作；负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担信息公开、安全保密、信访、建议、提案、史志、年鉴等工作；承担医药卫生方面重要文稿的起草；负责机关推进依法行政综合工作；承担本机关行政复议、行政赔偿案件和行政诉讼的应诉代理，组织行政听证工作；承担机关行政规范性文件的合法性审核；负责直属单位献血工作；负责机关及所属单位安全保卫、安全生产、安全宣传教育及综合治理工作；承担重要事项的组织和督察工作。
党委办公室
负责区医药卫生系统人才工作的宏观管理，组织协调并落实本系统高层次人才队伍建设工作；负责对基层党组织、党员，基层领导班子和领导干部的管理教育工作；组织开展卫生系统精神文明建设活动；组织实施本系统领导干部理论学习和理论培训；负责党的统战工作及离休老干部的管理工作；负责对工会、共青团、妇联、武装部的协调管理工作；承办卫生局党委日常工作；负责基层领导班子考察推荐工作；组织本系统政工职称评定工作；负责系统邪教的管理工作。
纪检监察科
1、卫生局监察科为区监察局派驻监察科，接受区监察局和区卫生局双重领导，负责卫生系统的行政监察工作，向区监察局负责并报告工作。
2、卫生局监察科监察对象为：卫生局机关及其国家公务员以及卫生局任命的直属单位人员及卫生系统中由政府部门任命的其他人员。
3、检查监察对象在遵守、执行法律、法规和政府决定、命令中的问题。
4、负责制定卫生系统党的纪律检查、行政监察等工作计划和措施，检查监督各项工作计划贯彻落实情况。
5、负责落实党风廉政建设责任制的组织协调工作。协调各部门抓行业作风建设。对卫生系统院务公开、政务公开情况进行监督检查。
6、受理对监察对象违反党纪、行政纪律行为的控告、检举，调查处理监察对象违反党纪、行政纪律的行为。
7、受理监察对象不服主管行政机关给予行政处分决定的申诉，以及管理范围内的法律、行政法规规定的其他由监察机关受理的申诉。
8、监督检查卫生系统及其国家公务员勤政廉政情况，对其进行法律、法规和行政纪律的宣传教育；负责卫生系统监察干部的业务培训工作。
9、完成区监察局和卫生局行政领导交办的其他工作。
人事科
承担机关及所属单位的人事、机构编制及公务员队伍建设等工作，负责卫生系统人事制度改革工作；负责卫生系统人才队伍建设工作; 负责卫生系统专业技术职务管理工作及辖区内卫生系列专业技术任职资格的报名组织工作;负责本系统计划生育工作;参与基层领导干部的考察推荐工作。
财务审计科
参与制定卫生事业发展的经济政策和经济管理方面的规章制度;负责卫生系统财务管理、业务指导和监督工作;负责项目及区生事业单位的财务、审计、物价及国有资产和社会保险的监督管理工作;参与拟定区卫生事业经费保障机制的相关政策;负责卫生系统内部审计工作，对所属单位经济活动进行专项和后续审计；负责对所属单位领导干部的经济责任审计；指导基层单位开展内部审计工作；负责卫生事业经费预算，决算的编制与汇审及预算执行情况的绩效考核工作；负责本系统政府采购工作；参与卫生系统财会、审计人员继续教育、业务培训和业务指导工作；负责职责范围内的专项经费申请立项、业务申报和专项经费以及医疗设备经费的使用监管工作；负责医疗机构全成本核算及项目成本核算的指导与成本信息分析上报工作；负责医疗机构医药费用“总量控制，结构调整”管理管理工作；负责所属医疗卫生单位后勤改革及管理工作。
医政科（卫生应急办公室、中医管理科、药械管理科、血液管理办公室、继续教育办公室）
负责制定辖区医疗机构设置规划；依法负责辖区医疗机构、从业人员以及医疗技术等医疗服务要素的准入审批和日常的监督管理；负责辖区医疗机构的药事管理工作；负责辖区医疗机构大型医用设备购置初审工作；实施对辖区内二级及以下医疗机构的医疗质量、医疗安全及医院感染控制的监督管理；组织落实医疗、护理、医技质量和服务质量标准；指导医院感染控制体系、医疗急救体系建设；规范医疗机构的执业行为，整顿医疗市场秩序，打击非法行医；承担医药卫生实验室生物安全的监督管理工作；负责辖区内无偿献血、医疗临床用血、血液质量等日常监督管理工作，全面推行无偿献血制度；监督、管理、指导社区卫生服务中心和社区卫生服务站的业务工作，评价服务质量；负责新型农村合作医疗的综合管理；开展医疗安全教育，依法受理医疗事故的鉴定申请和处理；负责制订继续医学教育计划，拟订区医学科技发展规划，组织各类卫生专业技术人员和管理人员的岗位培训、专业培训和继续教育工作；贯彻落实中医管理条例，负责中医药服务工作的监督管理，全面推广中医药适宜技术；负责组织卫生对口支援工作；负责突发事件的卫生应急处理以及大型活动的卫生保障组织工作；负责制定各种突发公共卫生事件应急预案；组织辖区突发公共卫生事件的应急处理；组织突发事件的医疗救治；负责组织辖区内大型活动的公共卫生和医疗服务保障工作；定期开展突发公共卫生事件应急处理相关知识、技能的培训和突发公共卫生事件应急演练；相关部门负责应急值守、应急视频会议组织、应急信息统计上报工作；承担区突发公共卫生事件应急指挥部办公室日常管理工作；承担市卫生局应急办、区应急办交办的其他任务。
防保妇幼科
拟订公共卫生管理、疾病预防控制、妇幼保健、精神卫生保健和卫生监督执法等方面的规范性文件；开展重大活动的公共卫生保障工作；负责在法定权限内，对公共卫生、环境卫生、生活饮用水、食品消费环节的卫生许可审批和监督管理；拟订卫生防病规划并监督实施；承办卫生防病方面的有关工作；指导重大疾病防控体系建设；负责本区疾病预防控制工作，组织对重大传染病、地方病、常见病、慢性病的综合防治、监测和疫情报告、处置，对重大突发疫情实施紧急处置；拟订全区健康教育与健康促进工作规划和计划并组织实施；拟订全区妇幼卫生工作的发展规划并组织实施；依法对妇幼保健、母婴保健、计划生育技术服务机构及人员进行资质审批和监督管理；指导妇幼保健体系的建设；拟订全区精神卫生工作规划，并组织实施；指导精神卫生体系的建设；组织协调重大活动期间精神卫生保障工作；负责流动人口卫生防病管理；拟订区域农村初级卫生保健规划并组织实施，指导乡镇初级卫生保健工作。
计划发展科
负责组织编制区医药卫生事业发展规划及区域卫生规划；会同发改、财政部门编制卫生系统中长期事业发展规划编制与年度计划，组织实施本年度基本建设计划；管理、监督、指导、协调卫生系统医疗机构基本建设工作；会同乡镇政府制定乡镇卫生院（社区卫生服务中心）发展规划；负责制定城镇地区和农村社区卫生服务体系建设规划并组织实施；负责新建居住小区社区卫生服务机构规划设置和验收工作；负责农村合作医疗改革工作。
宣传科
负责本系统新闻宣传，承担卫生新闻宣传、重大事件新闻发布组织、与媒体联络等工作；负责机关政务信息搜集报送工作；组织开展卫生科普宣传工作
合作医疗办公室
为农村合作医疗提供管理保障，宣传贯彻农村合作医疗政策，拟定实施农村合作医疗的具体措施，农村合作医疗资金筹集，监督农村合作医疗资金使用，农村合作医疗风险金管理，农村合作医疗定点医院审核。
社区卫生服务管理中心
主要负责质量管理、绩效考核、人员培训、运行管理、药品及医用耗材配送结算管理、信息统计等工作。
审计监督中心
主要职责：卫生局审计监督中心在本单位主要负责人的直接领导下，依据国家法律、法规和政策，独立行使内部审计监督权，充分发挥审计“免疫系统”功能，为卫生经济健康、有序运行保驾护航服务；卫生局审计监督中心对单位主要领导负责并报告工作；检查、督促内部审计机构和审计人员按照国家审计法律法规及卫生部《卫生系统内部审计工作规定》（卫生部部长令51号）和《房山区内部审计工作暂行规定》（房政发【2010】32号）文件规定及审计工作方针，结合卫生系统实际开展内部审计工作。
卫生应急指挥中心
负责区卫生应急办公室的事务性工作。
安全保卫管理中心
负责协助局办公室抓好卫生局所属事业单位的安全保卫工作。
机关后勤管理处
负责机关后勤管理工作。
科教信息中心
负责统计、医药学会、医学科研、医学继续教育、计算机网络与信息安全等管理工作。
